当人体雌激素水平下降,导致阴道上皮萎缩,细胞糖原减少,不利于乳酸杆菌生长。大量使用抗生素或用碱性液体过度冲洗阴道,抑制乳酸杆菌的生长。性乱,性交频繁(因精液pH为7.2-7.8)等导致致病性厌氧菌和加特纳菌大量繁殖,引起阴道微生物生态平衡失调。兼氧性乳酸杆菌减少。最终导致细菌性阴道病。
由于厌氧菌产生的脱羧酶,可激发加特纳菌产生某种氨基酸,产生挥发性胺类,释放出难闻的鱼腥臭味,胺类使pH值升高,又抑制乳酸杆菌繁殖,粘附有细菌的阴道表皮细胞脱落,使阴道分泌物增加,从而导致本病。由于菌群紊乱,阴道炎症并不明显,分泌物中白细胞减少,因此称细菌性阴道病比阴道炎更恰当。