噬血细胞综合征按其病因，除儿童期发病的家族性HPS（FHL）之外，可分为原发性（原因不明）或继发性，继发性HPS常见病因为感染、药物、红斑狼疮、实体瘤和血液系肿瘤及免疫缺陷等，故一旦HPS诊断确定，应严格探究潜在疾患。感染相关的HPS（IAHS）中多见病毒（尤其是EB病毒）和细菌感染，血液肿瘤多见于恶性淋巴瘤。在如何预防方面专家也做了一些探讨和研究。
Kaito等报道住院期间的危险因素为总胆红质增加（P=0.000 1）、血小板进行性减少（P=0.001 5）、贫血（P=0.002）和血清ALP增高（P=0.005）。与死亡相关的危险因素为年龄>30岁，存在弥散性血管内凝血（DIC）（FDP>10 μg/ml），铁蛋白（>500 ng/ml）和β2微球蛋白（>3.0 μg/ml）增高，贫血（Hb<100 g/L）伴血小板减少（<100×109/L）和黄疸。此外，无淋巴结肿大与预后不良显著相关（P=0.022）。作者指出具有HPS危险因素的患者应该积极化疗和支持治疗。Imushuku，等认为高细胞因子血症，如IFN-γ增高与HPS的严重度相关。Ishii等强调血清TNF浓度>50 pg/ml 生存期最短。Ohga指出血清IFN-γ值为反映HPS病情发展的最敏锐的指标。Fujiwara等检测小儿HPS 32例，其中IFN-γ值29/32例、IL-6值31/32例、sIL-2R值30/32 例增高，认为这三项的异常增高是HPS的预后指标。由单核/巨噬细胞由来的TNF-α、IL-1β值增高，分别见于9/16例，5/27例。
HPS预后不良，取决于潜在疾患的严重性及细胞因子暴（cytokine storm）的强度，约有半数病例死亡。呈暴发性经过者病情急剧恶化，4周内死亡。生存者1～2周血细胞数恢复，肝功能恢复需较长时间（3～4周）。Kaito等报道HPS患者34例中14例生存，20例（58.5%）死亡，20例死亡者中13例（65%）为原因不明的HPS患者。Wong等报道40例东方人群反应性（R）HS，其中18例（45%）死于RHS或潜在疾病的并发症。Cline报道HPS23例中57%死亡。血液恶性疾患患者中，合并HPS和不合并HPS组平均生存期分别为7个月、48个月，呈显著性差异。T/NK-LAHS患者预后绝对不良。主要死亡原因为出血、感染、多脏器功能衰竭和DIC。Elizabeth等报道52例伴VAHS的致死性传染性单核细胞增多症（IM），认为继发于EB-VAHS 的骨髓损害（组织细胞吞噬血细胞和骨髓坏死）在导致IM死亡中起主要作用，死因为继发感染和出血。