慢性肾小球肾炎是一个慢性疾病，和绝大多数的慢性疾病一样，其发展过程相对长，而此病在不同的时期里面显示出不同的特点，诊断的时候不仅仅要确定疑似患者是否患有此病，还需要确定病患者处于慢性肾功能衰竭的哪个阶段，以便有针对性地制定治疗方法。还有增加一些附加检查，确定患者是否患有其他慢性疾病，特别是高血压和糖尿病，方便降低治疗的风险。而且此病的隐匿性强，做检查时候，不能因要创伤检查而拒绝彻底检查。
一般检查：
1、尿液检查
尿异常是慢性肾炎的基本标志。蛋白尿是诊断慢性肾炎的主要依据，尿蛋白一般在1～3g/天，尿沉渣可见颗粒管型和透明管型。多数可有镜下血尿、少数病人可有间发性肉眼血尿。
2、肾功能检查
多数慢性肾炎患者可有不同程度的肾小球滤过率（GFR）减低，早期表现为肌酐清除率下降，其后血肌酐升高。可伴不同程度的肾小管功能减退，如远端肾小管尿浓缩功能减退和（或）近端肾小管重吸收功能下降。
3、血液检查
早期变化不明显，肾衰竭者可见正细胞正色素性贫血，红细胞沉降率明显加快，血浆清蛋白降低，血胆固醇轻度增高，血清补体C3正常。
4、肾活检
明确肾脏病理类型。
慢性肾小球肾炎主要应与下列疾病鉴别：
一、继发性肾小球肾炎如狼疮肾炎、过敏性紫癜肾炎等，依据相应的系统表现及特异性实验室检查，一般不难鉴别。
二、Alport综合征常起病于青少年（多在10岁之前），患者有眼（球形晶状体等）、耳（神经性耳聋）、肾（血尿，轻、中度蛋白尿及进行性肾功能损害）异常，并有阳性家族史（多为性连锁显性遗传）。
三、其他原发性肾小球病
①隐匿型肾小球肾炎：临床上轻型慢性肾炎应与隐匿型肾小球肾炎相鉴别，后者主要表现为无症状性血尿和（或）蛋白尿，无水肿、高血压和肾功能减退。
②感染后急性肾炎：有前驱感染并以急性发作起病的慢性肾炎需与此病相鉴别。二者的潜伏期不同，血清C3的动态变化有助鉴别；此外，疾病的转归不同，慢性肾炎无自愈倾向，呈慢性进展，可资区别。
四、原发性高血压肾损害呈血压明显增高的慢性肾炎需与原发性高血压继发肾损害（即良性小动脉性肾硬化症）鉴别，后者先有较长期高血压，其后再出现肾损害，临床上远端肾小管功能损伤（如尿浓缩功能减退、夜尿增多）较肾小球功能损伤早，尿改变轻微（微量至轻度蛋白尿，可有镜下血尿及管型），常有高血压的其他靶器官（心、脑）并发症。