慢性淋巴细胞性甲状腺炎目前无特殊治疗方法，原则上一般不宜手术治疗，因甲状腺功能减退，需要长期替代治疗。临床确诊后，甲状腺肿大明显并伴有压迫症状时，应进行治疗。可从甲状腺激素替代治疗、抗甲状腺治疗、甲状腺肿大治疗、糖皮质激素治疗这四方面入手。另外，治疗的过程要注意密切随访，合并妊娠时要替代治疗纠正甲状腺功能，并要定期复查甲状腺功能。
1、甲状腺激素替代治疗：HT甲状腺功能减退患者应进行甲状腺激素替代治疗。一般每日可给甲状腺片80～160mg或L-T4 100～300μg作用更稳定可靠。年龄大，特别是伴有心血管病者，应从少量（甲状腺片10～20mg，L-T4 12.5～25μg）开始治疗。
2、增加替代药物剂量：妊娠期患者应增加替代药物剂量25%-50%，并需按照妊娠期特异性血清TSH参考值指标（妊娠1-3个月TSH为0.3～2.5 mU/L；妊娠4-10个月TSH为0.3～3.0 mU/L）进行评价。
3、注意复查：部分患者停药后几年内，又有可能复发，可再次给予甲状腺素治疗。CLT患者大多有发展为甲减趋势，因而应注意随访复查，发生甲减时，应予治疗。
4、抗甲状腺治疗：桥本甲亢应给予抗甲状腺治疗，可用甲巯咪唑（他巴唑）或丙硫氧嘧啶（PTU）治疗，但剂量应小于治疗Graves病时的剂量，而且服药时间不宜过长。如为一过性的甲亢（临床表现型），可仅用β受体阻滞药，如普萘洛尔（心得安）或美托洛尔（倍他乐克）进行对症治疗。
5、糖皮质激素治疗：HT亚急性起病，甲状腺肿大和疼痛明显时，加用糖皮质激素治疗，如泼尼松20～30mg/d，口服，好转后逐渐减量，用药1-3个月。
6、甲状腺肿大治疗：HT的甲状腺功能正常、甲状腺肿大显著者可用L-T4治疗，治疗半年后50%～90%患者甲状腺平均体积缩小30%，硬度也有所缓解，年轻患者效果较明显。
7、手术治疗：状腺肿大显著、疼痛、有气管压迫症状，经内科治疗无效着，可以考虑手术切除。但术后绝大多数发生甲状腺功能减退，需要长期替代治疗。术中应常规行冰冻切片组织活检，如证实为本病，应只行甲状腺叶部分切除或峡部切除手术，主要目的是去除较大单发结节，以解除压迫。应尽量保留可修复性的甲状腺组织。