慢性淋巴细胞性甲状腺炎可与弥漫性毒性甲状腺肿（Graves病）、多内分泌腺自身免疫综合征I型和Ⅲ型、先天性卵巢发育不全、21-三体综合征（唐氏综合征，Down综合征）等合并，危害大。因此，患者要尽快确诊以对症下药治疗，可做甲状腺自身抗体、甲状腺超声、甲状腺细针穿刺细胞学（FNAC）、血清TSH浓度测定、彩色多普勒声像、过氯酸钾释放试验、甲状腺核素扫描等检查。
1、甲状腺自身抗体：在临床出现甲状腺功能减退以前，TgAb和TPO-Ab阳性是诊断本病的唯一依据，当本病进展为甲状腺功能减退阶段TgAb和TPOAb滴度显著升高是本病的特征之一。甲状腺功能减退症TgAb阳性率为80%，TPOAb阳性率为97%。但年轻患者抗体阳性率可较低。约10%的HT患者中，甲状腺刺激阻断抗体（TSBAb）阳性。
2、甲状腺超声检查：显示甲状腺肿，回声不均，锥体叶肿大，可伴多发性低回声区域或甲状腺结节。
3、甲状腺细针穿刺细胞学（FNAC）检查：可见病变甲状腺组织中淋巴细胞和浆细胞浸润，部分滤泡增生或变小和萎缩，上皮细胞肿胀增大，形态改变，胞质呈明显的嗜酸染色反应，称为Askanazy细胞或HUrthle细胞，是本病的特征性改变，具有确诊价值。
4、血清TSH浓度测定：血清TSH水平可反应病人的代谢状态，一般甲状腺功能正常者的TSH正常，甲减时则升高。但有些血清T3、T4正常病人的TSH也可升高，可能是由于甲状腺功能轻度不全而出现代偿性TSH升高，以维持正常甲状腺功能，我们将甲状腺激素正常，但TSH轻度升高的患者称为“亚临床甲减”。近年来关于亚临床型甲减的报道越来越多，诊断亚临床甲减的指标是TSH水平升高，多数不超过20mU/L。
5、彩色多普勒声像：早期患者甲状腺内血流较丰富，有时几乎呈火海征，甲状腺上动脉流速偏高、内径增粗，但动脉流速和阻力指数明显低于甲亢，且频带宽，舒张期波幅增高，又无甲亢症状，可相鉴别。晚期患者血流减少。
6、甲状腺核素扫描：可显示核素不均匀浓集与稀疏，或呈“冷结节”改变。
7、过氯酸钾释放试验：50%～70%的HT患者为阳性，提示本病甲状腺存在碘有机化障碍。