慢性肾盂肾炎临床表现复杂多变，因此要想尽快确诊，就要注意正确的检查方法，才能用最短的时间得到最正确的结果。主要是进行实验室检查和影像学检查两大类。实验室检查可做尿常规检查、尿细菌培养、肾功能检查，再辅以血常规检查这四种，其中尿细菌培养中，若菌落计数>10/ml，可以肯定为感染，同时可明确致病菌的种类及药敏。还有影像学检查的X线膀胱镜、肾活检等检查亦有重要意义。
一、实验室检查
1、尿常规检查：是最简便而可靠的检测泌尿道感染的方法。宜留清晨第一次尿液待测。凡每个高倍视野下超过5个（>5个/HPF）白细胞称为脓尿。急性泌尿系感染时除有脓尿外，常可发现白细胞管型、菌尿，有时可伴显微镜下血尿或肉眼血尿，尤其是布氏杆菌、奴卡杆菌及放线菌（包括结核分枝杆菌）感染时。偶见微量蛋白尿，如有较多蛋白尿则提示肾小球受累及。
2、尿细菌培养：尿细胞计数，近年多应用1h尿细胞计数法，其评判标准：白细胞>30万/h为阳性，<20万/h为阴性，20万～30万/h需结合临床判断。
3、肾功能检查：一般无肾功能障碍，当病情加重时先表现为肾小管功能受损，尿比重降低。晚期则出现血清肌酐和血尿素氮升高。
4、血常规：红细胞计数和血红蛋白可轻度降低。急性发作时白细胞计数和中性粒细胞比例可增高。
二、影像学检查
1、X线检查：发现有慢性肾盂肾炎征象，即局灶的、粗糙的皮质瘢痕，伴有邻近的肾盏变钝或呈鼓椎状变形。肾盂有时亦可变形，有扩大、积水现象。
2、放射性核素扫描：可确定患者肾功能损害，显示患肾较小，动态扫描还可查出膀胱输尿管反流。
3、膀胱镜检查：可见有膀胱内有充血、水肿等膀胱炎征象，患侧输尿管开口有炎症变化，有时可显示输尿管瓣膜功能不全或膀胱输尿管反流。双侧插入输尿管导管收集尿液并培养可确定感染部位。
4、肾活检：光镜检查可见肾小管萎缩及瘢痕形成，间质可有淋巴细胞、单核细胞浸润，急性发作时可有中性粒细胞浸润，肾小球可正常或轻度小球周围纤维化，如有长期高血压，则可见肾小球毛细血管壁硬化，肾小球囊内胶原沉着。