钩端螺旋体病是全身性感染疾病，病程常呈自限性，由于个体免疫水平上的差别以及菌株的不同，临床表现可以轻重不一。轻者可为轻微的自限性发热；重者可出现急性炎症性肝损伤、肾损伤的症状如黄疸、出血、尿毒症等，也可出现脑膜的炎性症状如神志障碍和脑膜刺激征等；严重病人可出现肝、肾功能衰竭、肺大出血甚至死亡。
钩端螺旋体病的临床症状是极复杂多样的，轻型病例可以无明显症状，严重的则甚至可以引起死亡。不同菌型和同一菌型的不同毒力株，以及由于受感染者的个体差别和免疫力的差异等因素，都能影响临床表现。另一方面钩端螺旋体侵犯不同的脏器，所以，其临床症状实为在流行性感染性疾病基本表现的基础上，加上脏器受损的症状如肝炎、肾炎、脑膜炎、肺炎、出血等。
钩端螺旋体病的临床表现：
1、钩端螺旋体病临床特点为起病急骤，早期有高热，全身酸痛、软弱无力、结膜充血，腓肠肌压痛、表浅淋巴结肿大等钩体毒血症状；中期可伴有肺出血，肺弥漫性出血、心肌炎、溶血性贫血，黄疸，全身出血倾向、肾炎、脑膜炎，呼吸功能衰竭、心力衰竭等靶器官损害表现；晚期多数病例恢复，少数病例可出现后发热，眼葡萄膜炎以及脑动脉闭塞性炎症等多与感染后的变态反应有关的后发症。肺弥漫性出血、心肌炎，溶血性贫血等与肝、肾衰竭为常见致死原因。
钩端螺旋体病早期主要症状和体征：
（1）发热：起病急，可有畏寒。短期内体温可达39℃左右，常为弛张热。
（2）肌痛：全身肌痛，特别是腓肠肌痫。
（3）乏力：全身乏力，特别是腿软明显。
（4）眼结膜充血：轻者主要在眼球结膜、外眦及上下穹窿部，重者除角膜周围外的全球结膜血管扩张呈网状，无分泌物，不痛，不畏光。
（5）腓肠肌压痛：双侧腓肠肌压痛，重者拒按。
（6）淋巴结肿大：主要为表浅淋巴结及股淋巴结，一般为1～2cm，质偏软，有压痛，无化脓。
以上三症状（即寒热、酸痛、全身乏力）和三体征（即眼红、腿痛、淋巴结肿大）是钩端螺旋体病的典型临床表现。
2、潜伏期2～28天，7～14天常见。临床表现复杂，决定于病原体的型别、机体的反应性、病原体的毒力以及感染的方式和人侵的病原体数量。以急性发热而无特异性症状和体征为表现者（70%）、以脑膜炎表现者（20%）、以肝肾功能不全表现者（10%）。