治疗原则为早期和彻底治疗（不间断治疗和长期治疗）。目前对结核性脑膜炎的治疗多采用链霉素（SM）、异烟肼（INH）、利福平（RFP）和吡嗪酰胺（PZA）合并治疗。其中异烟肼INH为最主要的药物，整个疗程自始至终应用。疗程1～1.5年，或脑脊液正常后不少于半年。
1、一般疗法
必须严格执行下列各项措施：
（1）切断与开放性结核病人的接触。
（2）严格卧床休息，营养必须丰富。
（3）细心护理：改变患儿体位，细心护理患儿眼睛、黏膜及皮肤，预防皮肤褥疮；耐心喂养，保证入量；昏迷患儿应用鼻饲法。
（4）最好能住院治疗，只在条件不许可时才可考虑门诊治疗，但应加强随访及督促坚持治疗。
2、抗结核药物疗法
治疗原则为早期和彻底治疗（不间断治疗和长期治疗）。
目前对结核性脑膜炎的治疗多采用链霉素（SM）、异烟肼（INH）、利福平（RFP）和吡嗪酰胺（PZA）合并治疗。其中异烟肼INH为最主要的药物，整个疗程自始至终应用。疗程1～1.5年，或脑脊液正常后不少于半年。
一线抗结核药物三联或四联疗法：
（1）异烟肼 利福平 吡嗪酰胺。
（2）异烟肼 利福平 吡嗪酰胺 链霉素治疗。
SM：20～30mg/（kg·d），每天肌注1次，最大量不超过每天750mg。1～2个月后根据病情改为隔天1次，1～2个月；链霉素可导致听力及前庭功能损害，一般肌内注射不超过2个月。总疗程3个月左右。
INH：10～20mg/（kg·d），一次顿服，最大量不超过每天400mg，疗程1～1.5年。异烟肼口服或静脉滴注的同时，为防止出现多发性周围神经病等毒副作用应给予维生素B6。
利福平：10～15mg/（kg·d），最大量不超过每天450mg，疗程6～9个月，必要时1年。
吡嗪酰胺：20～30mg/（kg·d），口服，每天最大量不超过1.5g，疗程3～6个月。
乙硫异烟胺：10～15mg（kg·d），每天最大量不超过500mg，疗程6个月，一般为代替RFP或PZA用。
二线抗结核药物如乙胺丁醇成人15～25mg/（kg·d），儿童15mg/（kg·d），可据情更替上述抗结核物。
鞘内注射抗结核药物问题：自INH广泛应用后，鞘注疗法已较少采用。但对严重的晚期患儿有时可考虑使用。剂量：INH 20～50mg/次，可与鞘注激素同时或隔天交替应用。2～4周为1疗程。
3、激素疗法
治疗原则为必须与有效之抗结核药物同时应用，剂量和疗程要适中，在需要应用的病例越早用越好。皮质类固醇激素适用于较严重的患者以控制炎性反应和脑膜粘连。由于激素有抗炎症、抗过敏、抗毒和抗纤维性变的作用，可使中毒症状及脑膜刺激症状迅速消失，降低颅压及减轻和防止脑积水的发生，故为配合抗结核药物的有效辅助疗法。激素对脑底脑膜炎型效果最好，如患儿已至脑膜脑炎型、极晚期或已发生蛛网膜下腔梗阻以及合并结核瘤时，激素的效果即不显著。
激素剂量要适中，强的松（prednisone）或强的松龙（prednisolone）1.5～2mg/（kg·d），最大量不超过45mg/d;地塞米松（dexamethasone）比强的松强5倍，故剂量为其1/5；氢化可的松（hydrocortisone）在急性期可静滴1疗程1～2周，剂量5mg/（kg·d）；于激素减量过程中可配合促肾上腺皮质激素（ACTH）为每天12.5～25U肌内注射。激素于用药4～6周后缓慢减量，根据病情在2～3个月内减完。
在已有脑脊液循环梗阻或有发生梗阻趋势之患儿，可鞘内注射激素，但对制剂种类、注入剂量及必要的稀释等问题要特别谨慎。
晚期脑积水考虑脑室-腹腔分流等手术。药物治疗一般需时9～12个月，直至CSF检查结果完全正常才能认为临床治愈，此后仍可继续口服异烟肼数月以防复发。对药物治疗反应良好或属轻症患者，疗程时间可减至6个月，对重症或有抗药性的患者，疗程延长至18～24个月。
4、对颅内压增高者应用20%甘露醇静脉快速滴注或速尿静脉推注。
脑积水的治疗在小儿结脑抗菌药物治疗中，脑积水的控制常为治疗中首要问题。在病程的1～2周即可从临床上诊断出脑积水，可经CT检查、侧脑室穿刺及引流证实。北京儿童医院病理证实的85例结脑合并脑积水中，13%病程短于2周。根据我们400余例侧脑室穿刺及引流的经验认识到及早控制脑积水非常重要。
对脑积水的治疗除常规使用激素外，可采取以下措施：
（1）侧脑室引流：适用于急性脑积水用其他降颅压措施无效，或疑有脑疝形成时。持续引流时间1～3周，一般作1～2次即可控制，引流量每天可达50～200ml。引流时应注意固定好侧脑室穿刺针，以免损伤脑组织，并经常观察脑脊液压力，防止压力过低引起脑出血。特别注意防止继发感染。对慢性进行性脑积水只可起到缓解症状的作用，而难于根本解决问题。
（2）高渗液的应用：其作用原理为当静脉快速滴入高渗液后，由于血与脑脊液之间渗透压之差而产生降颅压作用。适用于抢救脑疝患儿有严重脑水肿者，以及3岁以上患儿使用侧脑室引流有一定困难者。常用的高渗液有30%尿素、20%甘露醇、25%山梨醇、50%葡萄糖或尿素和甘露醇混合液。剂量为1～1.5g/（kg·次），于30min内快速静脉注入，必要时可2～3次/d。此外，亦可应用50%甘油糖浆口服，1～1.5g/（kg·次），1天可服3～4次，但效果较差。
（3）醋氮酰胺：为碳酸酐酶抑制剂，可能由于抑制脑室脉络丛中碳酸酐酶之作用，从而使脑脊液生成减少，降低颅压。作用较慢。剂量为20～40mg/（kg·d），分2～3次口服，疗程宜长，可数周至半年。配合侧脑室引流或高渗液静点治疗之前后应用，以弥补二者不能长期应用之不足。对慢性脑积水其他降压措施不易坚持时，更为适用。其副作用在较小婴儿可发生代谢性酸中毒，必要时可同时服用碳酸氢钠以资预防。少见的副作用有血尿伴腹痛，停药后很快恢复，最严重的副作用是无尿及急性肾功能衰竭，亦属少见，但要引起注意。
（4）分流手术：如果由于脑底脑膜粘连梗阻致发生梗阻性脑积水时，以上疗法均难以奏效，长期应用侧脑室引流只起到对症治疗的作用，而且难以长期坚持，此时在抗结核药物治疗，炎症基本控制的情况下，可考虑采用脑室脑池分流术。我院有3例梗阻性脑积水患儿在手术后，效果尚称满意，其中1例死亡，2例存活，其中1例已存活达10余年。
5、中医疗法
祖国医学认为本症久病重病后，热邪稽留、真阴耗损引起脾胃气虚，导致肝风内动、惊痫抽搐，治宜培补脾胃，滋阴平肝为主。可用加味四君子汤或六君子汤，有热加葛根、柴胡、黄芩、黄连等；有抽搐时加用镇惊药物如天麻、钩藤、全蝎、蜈蚣、僵蚕、胆星或蝉蜕等。晚期脑膜炎着重补脾滋阴、扶阳救逆，可用六君子汤加附子、肉桂。有脑积水时可用六味地黄丸加减。后遗症可采用针灸疗法。根据瘫痪及不同神经症状采用不同穴位。
6、对症治疗
高热及惊厥不止时可用冬眠Ⅱ号或其他镇静药。为了改善神经系统代谢过程可用谷氨酸、复合维生素B、维生素B12及大量维生素C等。对营养不良小儿或恢复极慢者可行小量（25～50ml）多次输血。有多动者可加用安坦2mg，2～3次/d，有肢体障碍，失语时，说明脑实质有病变，其中大部分为脑血管病变，早期应用血管扩张药物似有一定帮助。
7、随访观察
患儿在抗结核药物治疗结束后，必须密切随访观察。复发病例全部发生在停药后4年内，绝大多数在2～3年内。因此建议停药后随访观察至少3年，最好5年。凡临床症状消失，脑脊液正常，疗程结束后2年无复发者，可认为治愈，但仍应继续观察，直到停止治疗后5年。