结核性腹膜炎病应进行全身综合治疗，给予高热量、高蛋白、高维生素饮食。胃肠道症状明显或有肠梗阻影响进食时，应给流质、半流质或胃肠外高营养，并注意纠正水和电解质失衡。营养不良、消瘦病人可适当增加水解蛋白、复方氨基酸等以增加机体能量。若伴有腹腔内混合其他细菌感染时应酌情给予抗生素治疗等。
抗结核菌药物治疗
肺结核治疗的原则适用于结核性腹膜炎的治疗。其关键是早期、足量、全程地彻底抗结核治疗，避免复发，防止并发症的发生。理想的抗结核药物应具备有杀菌或较强的抑菌作用；在体内可达到有效的抑菌浓度；并能渗透入细胞、浆膜腔内；疗效迅速而持久、毒性低、副作用少；使用方便、价格低廉等。在治疗前最好能对所分离的结核杆菌进行药物敏感试验，可进一步提高疗效。结核性腹膜炎的治疗通常需采用至少两种以上药物联合方案进行。在单用1种抗结核药物治疗时，每106个结核杆菌中有1个发生耐药突变株。而当具有不同作用机制的2种药物联合应用时，对其产生耐药突变菌的机率是10-6×10-6即每1012个结核杆菌中仅有1个发生耐药突变。
因此联合用药不仅可防止或减少耐药性的发生，且由于各种药物的不同作用机制可增强疗效。目前认为，异烟肼和利福平是两个最强的抗结核药物，其对98%以上临床分离菌株敏感。对一些具有对结核杆菌耐药危险因素的病人，需要采用3种或4种抗结核药物联合治疗。这些危险因素有：
（1）既往曾接受过抗结核药物的治疗。
（2）未完成原定抗结核治疗方案、不规则用药、或疗程不足。
（3）来自一些原发耐药结核杆菌株发生率超过50%的地区病人，或与其密切接触者。
（4）伴有HIV感染的病人。
（5）患粘连型伴渗出或干酪型结核性腹膜炎的病人。
（6）伴有其他部位活动性结核病灶，病变不易控制的病人等。因此对结核性腹膜炎的治疗尽可能选择抗结核药物的联合化疗方案，疗程也应适当地延长、分阶段进行。由于结核杆菌增殖缓慢和代谢失活的周期较长，所以延长药物治疗时间常是十分必要的。若病人能坚持服药、耐受性好，疗程延至9～12个月疗程更佳。由于利福平对所有部位的结核杆菌均有杀菌作用，含利福平的联合治疗可不必延长到其他联合治疗那么长时间。
除上述一线抗结核病药物外，二线药物有环丝氨酸、卷须霉素、卡那霉素、对氨基水杨酸、乙硫异烟肼、紫霉素、利福布丁、利福喷丁、丁胺卡那霉素、氧氟沙星、环丙沙星等，对结核杆菌有一定抑制作用，常与其他抗结核药物联合应用。
在选择药物联合治疗方案时应考虑的一个重要因素是药物的毒性反应。在服药期间应定期进行常规血清学、肝功能、肾功能试验，以及视觉、听力等相关检查。此外尚应密切观察临床表现，有时上述检查结果正常并不说明没有毒性反应。若服药期间发现有不良反应时应立即停药观察，并采取相应对症治疗措施。
激素治疗
在抗结核治疗中加用激素可缩短病人的中毒期，减少中毒症状。由于激素能降低毛细血管壁和细胞膜的通透性，减少炎性渗出和反应，并可减轻腹腔内纤维化或肠粘连的形成。因此结核中毒症状严重或腹腔内有大量渗出液的病人，在采用抗结核强化治疗同时可加用激素治疗。
手术治疗
少数结核性腹膜炎病人虽经抗结核药物治疗后，其伴发的肠梗阻、肠穿孔、肠瘘、粘连及干酪样坏死病灶等未见好转，可考虑剖腹探查。并进行相应的手术治疗。
预后
在抗结核化疗应用前，本病病死率达60%。腹水型者较好，粘连型者次之，干酪型者最差。自使用化疗后，本病已可治愈。但如有严重的合并症，诸如严重的肺结核或栗粒结核合并结核性脑膜炎者，预后较差。女性患者常因输卵管粘连而不孕。