现已知道多数病毒均可引起病毒性脑炎。85%以上为散发性的。损伤程度则因病毒种类、机体免疫状态及感染条件而异，不同病毒引起的脑炎具有不同的流行特点。在我国以肠道病毒脑炎最常见，主要发生在夏秋季，且大多数患者为小儿。病毒性脑炎的起因是流行性乙型脑炎，由蚊虫传播，因而主要发生在夏秋季节（7.8.9月）。人对乙脑病毒普遍易感，但感染后发病者少，多呈隐性感染，感染后可获得较持久的免疫力，故患病者中60%～70%为儿童，2～6岁发病率最高。
病毒入侵中枢神经系统主要通过血源和神经入侵两种途径：
1。血源途径 通过血流侵入中枢神经系统最为常见，病毒首先侵犯神经系统以外的其他组织，病毒性脑炎的病因如脊髓灰质炎病毒常常在口腔或区域淋巴系统，单纯疱疹病毒往往来源于呼吸道或胃肠道黏膜，虫媒病毒则在血管上皮，柯萨奇病毒、呼吸道肠道病毒、狂犬病毒则位于棕色脂肪，病毒通过进入红细胞或白细胞引起病毒血症，血液内病毒可通过脉络膜进入脑脊液，因此可以在脑脊液中分离到埃可病毒或柯萨奇病毒。病毒也可以通过吞噬细胞在颅内血管的移行、病毒在血管内皮细胞内复制或通过被动转运通过血一脑屏障。一旦进入中枢神经系统，病毒将通过直接接触或通过有限的细胞外间隙迅速播散，嗜神经病毒还可通过受损的血-脑屏障进入中枢神经系统。
2。神经途径 较少见。经神经感染主要通过外周神经和脑神经，病毒可以沿着神经内膜、神经周围的施万细胞、外周神经的纤维细胞上行感染进入中枢神经组织。病毒一旦进入脊髓，则可沿内皮细胞或神经间隙随即播散，如狂犬病毒及单纯疱疹病毒。另外，病毒性脑炎的病因如单纯疱疹病毒、脊髓灰质炎病毒和狂犬病毒还可通过感觉或运动神经末梢，沿感觉神经胶质细胞或运动神经元轴突逆行感染。这些病毒还可通过嗅觉系统沿嗅杆和神经纤维到达嗅球的僧帽细胞或沿着嗅神经间隙、内皮细胞或神经周围感染到达嗅球，再沿蛛网膜到达脑膜。
病理：
中枢神经系统的细胞对病毒感染的易感性有差异，单纯疱疹病毒可感染所有细胞类型，而脊髓灰质炎病毒则易侵犯大的运动神经元、普肯耶细胞和网状结构。细胞易感性取决于细胞受体位点及侵入的途径。病毒性脑炎的起因中各型脑炎中脑组织对病毒感染的反应基本相同，最显著的组织学病变主要为细胞浸润，开始大多为多核白细胞，之后以单核细胞、浆细胞、淋巴细胞为主，小神经胶质细胞弥漫性或局灶性增生，弥漫增生的胶质细胞聚集在变性或坏死神经细胞周围，呈噬神经细胞现象（ neuronophagia）。神经细胞Nissl颗粒消失、细胞质嗜伊红改变，神经细胞核内可形成包涵体，神经髓鞘变性、断裂。可有血管炎及血管壁改变。
病毒感染可使神经鞘产生寡克隆免疫球蛋白，病毒性脑炎早期产生病毒特异性IgM，之后出现特异性的IgG和IgA;与细菌感染不同，病毒性脑炎或脑膜炎患儿脑脊液白三烯B4、C4明显增高，前者为白细胞的趋化因子，后者则引起血管通透性增加、平滑肌收缩。脱髓鞘病变严重常提示是感染后或变态反应性脑炎。大多脑炎病变呈弥漫分布，但不同病原引起的病变部位可不同，如单纯性病毒脑炎易侵犯颞叶，虫媒病毒脑炎往往累及全脑，但以大脑皮质、间脑和中脑最为严重。