输尿管结石绝大多数来源于肾脏，包括肾结石或体外震波后结石碎块降落所致。由于尿盐晶体较易随尿液排入膀胱，故原发性输尿管结石极少见。具体来说，导致输尿管结石的主要原因有以下几个方面：
1、饮水量不够
饮水的水质不佳，有些地区的饮用水属于硬水，含晶体、钙比较高，使人的尿钙增高，容易形成结石。另外，饮水量太小，尿液浓缩，也容易引起结石。
2、不良饮食习惯
食用含草酸、钙较高的食物，如动物内脏、菠菜、豆腐等豆制品、浓茶、酒、咖啡等。以及食物过于精细，吃肉多，吃蔬菜等含纤维素的食物过小，也容易出现尿结石。
3、环境影响
不同的生活环境、气候，在炎热地区，出汗多，尿液容易浓缩，形成尿结石。
4、不良的生活方式
日常生活中，运动过少，活动过少，也容易出现尿结石。
5、药物影响
长期服用大量含钙抗酸药物或过量维生素D使钙吸收增多，也可使尿钙增多。如尿中胶体不能维持钙盐的过饱和状态，则钙盐析出沉淀亦可形成结石。有些代谢紊乱，如痛风病人嘌呤代谢紊乱尿酸排泄增加，可并发尿酸结石。
6、尿内晶体浓度增高
正常尿中常含有多种晶体盐类，如草酸盐、磷酸盐、碳酸盐、尿酸盐等。有些情况使体内晶体排出增多，也可使尿晶体浓度增高，这也是引起输尿管结石的原因。
7、形成尿结石的物质排出增加
尿液中钙、草酸或尿酸排出量增加。长期卧床、甲状旁腺功能亢进者尿钙增加；痛风病人尿酸排出增多；内源性合成草酸增加或肠道吸收草酸增加引起高草酸尿症等。
8、尿路影响
患前列腺肥大患者引起尿路通畅度下降，残尿量增加，膀胱结石生成机会增大。输尿管先天狭窄致肾盂积水易成结石，同时结石梗阻尿路又使结石生长加快。有些细菌如大肠杆菌能分解尿素产生氨，使尿pH≥7.2，易形成磷酸镁铵结石。
另外，身体患有某些疾病，导致高血钙或高尿钙症。如甲状旁腺功能亢进、痛风、骨折、瘫痪、溶血性骨肿瘤等疾病可使尿钙增高，容易形成肾结石。各种原因的尿路梗阻使尿液郁积、尿路感染也容易出现结石。