磁共振图象是通过采用特定的成像序列扫描而获得的。目前，临床上最常用的是自旋-回波序列（SE序列）。通过改变序列中的TR（射频重复时间）和TE（回波时间）两个参数，可分别获得质子密度β、T1和T2的加权图像，三种不同成像参数的加权图像，各分别代表了组织的三种不同的磁共振特性，借以分辨正常组织并识别病变。此外，还有反转回复序列（IR序列），此序列所得到的图像，能重度体现组织的T1特征（重度T1加权）；饱和回复序列（SR序列）为质子密度加仅序列；部分饱和序列（PS序列）为T1加权序列。这些序列都不如SE序列更受欢迎，应用也不很广泛。
快速成像序列有效地推进了磁共振成像术的临床应用。例如从西德引进的RARE序列，是一个重度T2加权的成像序列，它在显示病灶方面有很高的敏感性。FLASH、FISH等序列也是快速成像序列，它们的扫描成像时间以毫秒计算（常规序列的扫描成像时间，一般以分秒计算），因此，在很大程度上克服了磁共振成像扫描时间长的致命弱点，为动态磁共振成像和磁共振成像电影摄影，创造了必要的条件。
对病人进行磁共振成像检查时，要避免带有含铁等顺磁性物质的物品，如手表、金属项链、假牙、金属钮扣、金属避孕环等进入检查室，因为这些带有顺磁性物质的物品，可影响磁场的均匀性，使图像中产生大片的无信号伪影，不利于病灶的显示。带有心脏起搏器的病人，严禁做磁共振成像检查。对体内有金属弹片存留、术后有银夹残留（银夹成分中可能含有少量顺磁性物质），金属性内固定板、假关节等的病人，磁共振成像检查要持慎重态度，必需检查时要严密观察，病人如有局部不适，应立即中止检查，防止弹片、银夹等在高磁场中移动，以致损伤邻近大血管和重要组织。
在磁共振成像扫描过程中，病人须保持平衡呼吸，减少吞咽动作，避免自主或不自主的躯体和四肢运动。对难以配合检查的儿童或神志不清的病人，可酌情使用一些镇静药物。进行磁共振成像检查时，还需正确地选用切层方向和不同的成像参数加权的脉冲序列，以便在尽量短的时间内，对疾病作出定位和定性的诊断，一般常规为除脊柱和脊髓的检查外，多数都先作快速T2加权横断面成像，以便初步判断病灶的有无及其T2值的长短。然后进一步作SE序列T1加权的冠状或矢状切面成像，以明确病灶与其邻近结构的解剖关系，以及病灶T1值的长短。如经上述检查尚未解决问题，还可以酌情兼作长TR的SE多回波序列。此序列的第一回波像为质子密度加权图像，软组织的解剖分辨率较高；第四回波像为T2加权图像，有利于组织的对比分辨。多回波成像序列的扫描时间较长是它的不足。脊柱和脊髓有上下走行的解剖特点，检查时宜先作快速T2加权和SE序列T1加权的矢状切面成像扫描，最后可依所示的可疑病变部位，进一步作快速T2和/或SE序列T1加权横断切面成像扫描，以判定病灶的特性及其与脊髓等的关系。
上腹部的磁共振检查（肝、胰、肾、肾上腺等的检查）宜空腹，检查前饮足量的水分，可使胃与肝左叶、脾脏等的界限显示得更加清楚。
