磁共振是利用磁场和无线电脉冲成像的，是一项较安全的检查，适用于任何人群，包括儿童和孕妇。 CT检查说到底是X线检查，它可进行几乎全身各个脏器的扫描，而且扫描速度快，几秒或十几秒的时间就可进行某个器官或全身的检查。但是，和普通X线检查一样，过度CT检查对人体的辐射危害也很明显。
这两种检查方法由于成像原理的不同，各自检查的适应证也不完全一样。CT和磁共振检查从检查的功能上看有重叠的地方，但又不能相互替代，要根据病人的具体情况选择。对于软组织病变、肿瘤等，磁共振检查的分辨率高于CT。所以，一般神经系统（包括脑、脊髓）、腹部实质性脏器（如肝脏、胰腺、肾脏等）、乳腺、身体各部位的关节以及全身的软组织等，磁共振检查有优势。而对于像肺、胃肠这样含气的器官，或者想了解冠状动脉的情况，CT检查是首选。对于脑出血性疾病，要尽快做CT检查，以明确诊断。虽然磁共振检查对脑出血性病变也能确诊，但检查时间相对较长。若怀疑是急性脑梗死，就要马上做磁共振。因为在急性脑梗死发生的12小时之内，CT难以发现病变，而磁共振在发病30分钟左右就能确定病变部位。
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