MRI的高敏感性基于正常组织与病理组织弛豫时间T1及T2的不同，并受质子密度、脉冲序列的影响，常用的脉冲序列有：
1．自旋回波（SE）序列 采用“90°-180°”脉冲组合形式构成。其特点为可消除由于磁场不均匀性所致的去相位效应，磁敏感伪影小。但其采集时间较长，尤其是T2加权成像，重T2加权时信噪比较低。该序列为MRI的基础序列。
2.反转恢复(IR）序列 采用“180°-90°-180°”脉冲组合形式构成。其特点为具有较强的T1对比，短反转时间（TI）的反转恢复序列，同时具有强的T2对比，还可根据需要设定TI，饱和特定组织产生具有特征性对比的图像，如短T1反转恢复（STIR）、液体衰减反转恢复（FLAIR）等序列。
3．快速自旋回波（FSE）序列 采用“90°-180°-180°-...”脉冲组合形式构成。其图像对比性特征与SE相似，磁敏感性更低，成像速度加快，使用大量180°射频脉冲，射频吸收量增大，其中T2加权像中脂肪高信号现象是TSE与SE序列的最大区别。
4．梯度回波（GRE）序列 梯度回波技术中，激励脉冲小于 90°，翻转脉冲不使用180°，取而代之的是一对极性相反的去相位梯度磁场及相位重聚梯度磁场，其方法与SE中频率编码方向的去相位梯度及读出梯度的相位重聚方法相同。由于小翻转角使纵向磁化快速恢复，缩短了重复时间TR，也不会产生饱和效应，故使数据采集周期变短，提高了成像速度。其最常用的两个序列是快速小角度激发（FLASH）序列和稳态进动快速成像（FISP）序列。
5．快速梯度自旋回波（TGSE）序列 TGSE是在TSE的每个自旋回波的前面和后面,再产生若干个梯度回波，使180°翻转脉冲后形成一组梯度和自旋的混合回波信号，从而提高单位重复时间（TR）的回波数。该序列具有SE及TSE的对比特点，且较之具有更高的磁敏感性，采集速度进一步加快。
6．单次激发半傅里叶采集快速自旋回波（HASTE）序列 该序列在一次激励脉冲后使用128个180°聚焦脉冲，采集128个回波信号，填写在240X256的K空间内。HASTE序列具有TSE序列T2加权图像的特征，每幅图像仅需一次激励便可完成数据采集，高速采集可冻结呼吸及其它生理性运动。因此该序列多用于有生理性运动器官的T2加权成像。
7．平面回波成像（EPI）序列 EPI技术是迄今最快的 MRI成像技术，它是在一次射频脉冲激励后在极短的时间内（30ms～100ms）连续采集一系列梯度回波，用于重建一个平面的MRI图像。EPI技术已在临床广泛应用，单次激发EPI，以扩散成像、灌注成像、脑运动皮层功能成像为目前主要的应用领域，多次激发EPI则在心脏快速成像、心脏电影、血管造影、腹部快速成像等领域取得进展。