“无痛人流”仅仅是减少了手术时的痛苦，并不能避免流产产生的不良后果。特别是因为它涉及麻醉，因此除了有可能引起出血、黏膜损伤等并发症外，还增加了一个最严重的并发症可能——麻醉意外，即麻醉以及麻醉药物带来的风险。比如全身麻醉后，子宫的收缩功能受到影响，容易发生宫缩不良，从而引起出血增多甚至大出血；麻醉后子宫变得非常柔软，容易发生穿孔。一旦发生穿孔等副损伤，由于患者处于神志不清状态，很难被及时发现；另外临床上常有麻醉不良反应发生，比较常见的有呼吸抑制、循环抑制、药物过敏等。
不论什么方法什么设备或技术，人流作为一种手术，毕竟使子宫内产生创伤，因此对身体的影响不可能是完全没有的。特别是随着现在社会竞争加剧，不少女性人流手术后，得不到很好的休息；还有一些做了人流手术的女性，虽然医生交代术后1个月内禁止性生活，但她们没有重视一生的提醒，术后一两天就过性生活，这些都极容易造成受损的子宫感染，引起盆腔炎、输卵管炎，甚至造成不孕的要种后果。
人流手术还会造成流产不全（有组织残留或阴道出血持续不净，或有多量出血）、流产后感染（阴道出血，发热，阴道分泌液有臭味，子宫体、附件有压痛）、宫颈或宫腔粘连（术后闭经或月经稀少）、术中出现大出血、宫颈撕裂、以及人流综合症（手术时的刺激引起迷走神经亢进，出现心动过缓，面色苍白，胸闷， 大汗淋漓， 头晕，血压下降等）等并发症。
专家强调，反复多次人流的危害更大。首先，发生子宫损伤的几率增大，而人流对子宫内膜的损伤直接影响到以后的生育能力。很明显的变化是，做完人流后月经量会减少，有人还可能出现闭经现象。而月经量的多少是子宫内膜状况的直观反映，量少意味着子宫内膜受损了。另外，人流会损伤子宫内膜基层，以后再妊娠很容易发生植入，也就是受精卵着床像扎根一样往下长，再做人流术不容易刮干净，需要二次刮宫。
另外，人流对妇女心理的危害往往被忽视。我们发现，很多做过人流的妇女，几年后看到她做人流那年出生的孩子，就会想起自己流掉的胚胎，产生一种负罪感。她会想，要是不做人流，我的孩子应该这么大了。
