病原学诊断非常重要，因为抗病原治疗是治疗慢性肝炎的关键。必有注意的是，除了乙型和丙型肝炎病毒能够引起惺肝炎之外，其他病毒，其他病原都有可能引起类似慢性病毒性肝炎的表现，有时也可与慢性病毒性肝炎同时存在。这在诊断方面必有认真考虑。
二、乙肝治疗之病毒复制活跃程度的判断
这是指导抗病毒治疗的依据。在这方面如果能有准确的病毒宣的检测方法，则不但可以指导抗病毒药物的用量，而且可以指导疗程(治疗3个月后，如果病毒量毫无变化似可改用共创疗法，如果明显减低则可坚持治疗等等)。问题的关键是检测要准确。如果能研究一种比较便宜的定量的方法，对于这种方法的推广应用非常重要。用目前常用的检测方法来初步推测病毒的复制情况也可能有一定意义，值得研究。
三、乙肝治疗之对肝脏炎症程度的判断
这对指导抗炎症治疗非常重要。一般认为血清转氨酶的高低可反映肝脏的炎症程度。如果病人血清转氨酶很高，甚至伴有黄疸，这常表示肝脏炎症比较明显。但是如果病人血清转氨酶很低或者完全正常，并不能完全表示肝脏炎症很轻或者完全没有炎症。因为有人证明血清转氨酶完全正常者，还有10%的患者为慢性活动性肝炎，甚至肝硬化。因此最好的判断方法是进行肝脏活体组织检查。
四、乙肝治疗之对肝脏纤维化程度的判断
这对指导抗纤维化治疗很重要。目前国内外有不少检测肝纤维化的方法，但由于试剂没有标准化。因此其可靠性值得进一步验证，唯一可靠的还是肝深入分析组织检查。
五、乙肝治疗之对人体免疫功能的判断
从理论上这对应用免疫治疗非常重要。可惜现在能用于临床且质量稳定的检测方法太少。目前只能盲目应用，对于免疫疗法是否有效，只能根据临床的治疗效果来判断。
六、乙肝治疗之对患者全身状态及肝功能状态的判断
如果病人全身情况不好，合并有严重的重要器官的疾患以及肝硬化，特别是严重的肝功能代偿不全，以及全身免疫性疾病等，在选用抗病毒药物时须慎重考虑。这时，如果应用增加肝细胞损伤的治疗方法，(如某些免疫疗法，包括干扰素)，则有可能使病情进一步加重。甚至危及病人生命。如果必须应用抗病毒治疗，则可选用单纯作用于病毒而不影响机体免疫功能的抗病毒药物可能比较安全。
在乙肝治疗过程中，要定期进行乙肝两对半检测，及时了解乙肝病情，才能进行有针对性的治疗。