人有好坏之分，细菌也不例外，分为病原菌和有益菌。病原菌又称病原微生物，是指能入侵宿主引起感染的微生物，有细菌、真菌、病毒等。而有益菌一般是指在人体胃肠生长的、对人体健康起到正面作用的细菌。
国内外的专家经过多种研究，总结出益生菌的七个作用。
1、增强人体免疫力，抑制其它有害菌的生长
通过“生物夺氧”使需氧型致病菌大幅度下降，益生菌能够定殖于粘膜、皮肤等表面或细胞之间形成生物屏障，这些屏障可以阻止病原微生物的定殖，起着占位、争夺营养、互利共生或拮抗作用。
2、防止腹泻，调理肠胃，调整微生态失调
益生菌活着进入人体肠道内，通过其生长及各种代谢作用促进肠内细菌群的正常化，抑制肠内腐败物质产生，保持肠道机能的正常。对病毒和细菌性急性肠炎及痢疾，便秘等都有治疗及预防作用。
3、缓解过敏作用
过敏是一种免疫疾病，是人体内免疫功能失调出现不平衡的状况。有过敏体质的人当外来物质或生物体刺激免疫系统产生免疫球蛋白（IgE） 数量过多，使其释放出一种叫组织胺的物质从而引发过敏症状。益生菌疗法是目前国内外流行辅助治疗过敏的有效方法之一。
4、缓解乳糖不耐症状，促进机体营养吸收
益生菌有助于营养物质在肠道内的消化。它能分解乳糖成为乳酸，减轻乳糖不耐症。
5、降低血清胆固醇
可能与其调节和利用内源性代谢产物并且加速短链脂肪酸代谢有关。双歧杆菌、乳杆菌的微生态制剂，服后可使胆固醇转化为人体不吸收的粪甾醇类物质。从而降低胆固醇水平。
6、预防阴道感染
不少益生菌有酸化泌尿生殖道的作用。它可以通过降低pH值来抑制有害细菌的生长。还可以通过与有害细菌竞争空间和资源而遏制它们。
7、预防癌症和抑制肿瘤生长等
乳酸杆菌能提高巨噬细胞的活性，并能防止肿瘤的生长。益生菌可抑制肠道内某些酶的活性，如β-葡糖醋酸酶、β-葡糖醛酸酶、尿素、酶、硝基还原酶、偶氮还原酶等。这些酶可能参与肠道内致癌物的形成。胆盐经肠道碰到有害菌可能发生解离，就会产生致癌物质，容易引起肠癌。但益生菌可以抑制有害菌，即使有胆盐的存在，致癌率也大大降低。
调整菌群平衡最直接的方法就是补充益生菌，在日常饮食中多食用一些含乳酸菌的酸奶、奶酪等。如果口腔溃疡、腹泻、便秘等病症严重，单靠食用酸奶和奶酪不能改善，可以在医生的指导下，服用可以补充双歧杆菌、乳杆菌和乳酸菌的药物。