区别一：发病原因
肝囊肿：肝囊肿有先天的 也有后天的。先天性肝囊肿是由于胚胎时期肝内胆管或淋巴管发育异常造成的；后天性肝囊肿可能是肝脏管道发生退行性改变的结果
肝脓肿：肝脓肿可由溶组织阿米巴原虫或细菌感染所引起。阿米巴肝脓肿的发病与阿米巴结肠炎有密切关系，且脓肿大多数为单发；细菌性肝脓肿的细菌侵入途径除败血症外，可由腹腔内感染直接蔓延所引起，亦可因脐部感染经脐血管，门静脉而入肝脏，胆道蛔虫亦可为引起细菌性肝脓肿的诱因。常见的细菌有金黄色葡萄球菌，链球菌等。
区别二：症状与体征
肝囊肿：肝囊肿一般没有症状，当囊肿长大到一定程度，可能会压迫胃肠道而引起症状，如上腹不适饱胀；也有因囊肿继发细菌感染而有腹痛、发热。当囊肿过大时，可出现消化不良、恶心、呕吐和右上腹不适或疼痛等症状。
肝脓肿：全身菌血症或胆道感染引起的多发性脓肿。通常起病急，并以引起脓肿的原有疾病的主要临床特征为其主要症状。如为单发性脓肿，则其症状在数周内呈亚急性起病；常见有发热，而且有时是唯一的线索，但多数病人还有厌食，恶心，体重下降和无力。约半数病人有右上腹疼痛或触痛和肝肿大，偶见右侧胸膜炎性胸痛，黄疸一般只在胆道阻塞时才出现。
区别三：疾病诊断
肝囊肿：B超对肝囊肿的检出率可达98％，一般情况下，肝囊肿患者并不需要作彩色超声及磁共振（MRI）检查。化验检查对肝囊肿的诊断价值不大。通常，肝囊肿并不导致肝功能的异常。但有时为了鉴别诊断，作某些血液检查仍然是必要的，特别是血液甲胎蛋白（AFP）检查，以排除原发性肝癌。
肝脓肿：根据病史，临床上的寒战高热，肝区疼痛、肝肿大。X线检查可见病侧膈肌抬高和固定，常有胸腔积液。诊断性肝穿刺抽脓，是确诊的重要手段，应在超声波探查引导下进行。阳性的穿刺结果，为治疗提供了依据。
区别四：疾病治疗
肝囊肿：单个或多个囊肿，无临床症状者，应定期B超检查观察，囊肿超过5厘米大小可考虑在超声引导下穿刺吸出囊液后注入硬化剂处理。巨大或局限性囊肿有继发感染者，常需外科处理。
肝脓肿：病情较轻的阿米巴肝脓肿可门诊服用甲硝唑或甲硝达唑。细菌性肝脓肿必须住院治疗：全身支持疗法；抗生素治疗；手术治疗等。
区别五：并发症
肝囊肿：囊内出血；囊肿破裂 ；囊蒂扭转等。
肝脓肿：肝脓肿的并发症包括膈下脓肿形成；脓腔内出血；脓肿破裂入肺，胸膜腔或腹膜腔。诊断正确，治疗适当者的病死率为10％～30％，多发性脓肿患者的病死率高于单发性脓肿患者。
由于细菌性肝脓肿往往发病较重，应及早诊断治疗，避免并发症的发生。