胎儿在发育过程中，受到畸胎原的影响，会导致组织器官发育异常，甚至死亡，而这种伤害对胎儿来说，是极为严重而且是不可逆转的，畸胎原造成畸形的严重度是取决于下列3个要素，胎儿的怀孕周数、畸胎原剂量的多少、胎儿的体质，即基因遗传形态。
一般而言，怀孕的前三个月，是细胞分化及器官形成的重要时期，畸胎原此时最容易造成胎儿异常，但是在整个怀孕过程中，胎儿都可能会受到畸胎原的影响，胎儿暴露于畸胎原的剂量越高，对于胎儿的畸形伤害也越大。另外同样的畸胎原对不同的胎儿会导致不同的病变，而造成这种差异的原因，主要是胎儿的遗传形态所决定。
热水浴
研究显示，让正常未孕的育龄妇女在39℃的水中浸泡15分钟或41℃的水中浸泡10分钟，她们阴道内壁的温度可达39℃。怀孕妇女在42℃的水中浸泡15分钟，就会对胎儿的中抠神经系统产生极大危害。儿科专家调查了怀孕期每日在热浴中维持40一60分钟的妇女，结果发现畸胎发生率明显增高。另据报道，长时期热水淋浴对身体有害。因为淋浴时的热水被喷射分解成无数颗细小微粒，产生大量水蒸汽，使水中的有害化学物质加剧挥发。如，能使50％的氯甲烷和80％的氯乙烯变成蒸汽，以至被人体过多吸收而毒害身体。毫无疑问，孕妇若长时间热水淋浴，不仅有害自身，而且会给胎儿带来严重不良后果。
负性情绪
情绪对生殖细胞和胎儿的影响受到越来越广泛的关注。德国心理学家曾对柏林55家医院的新生儿作了回顾性调查，发现在1927一1933年希特勒上台前7年间，新生几畸形发生率仅占1。25％，希特勒上台后7年间上升到2。38％；战败以后，畸胎率则高达6。5％。另有资料报道，发育异常儿中有24％与孕妇负性情绪有关，表明孕妇情绪不良能造成高畸胎率。
营养偏差
孕妇过量食肉、鱼、巧克力。甜食等，可使体液酸化，血中儿茶酚胺水平增高，出现烦躁不安、突发脾气、易伤感等消极情绪，进而使体内激素分泌失调，容易使胎儿发生唇裂，腭裂和其它器官发育畸形等。
补钙过多
不少孕妇唯恐胎儿缺钙，不加选择地过多摄取钙片和维生素D。殊不知此举会导致新生儿患上高钙血症，表现为囟门过早关闭、腭骨变宽而突出、主动脉缩窄等畸形，严重者还智力低下。故补钙量并非多多益善。
体内缺镁
孕妇反复呕吐、长期腹泻或镁摄取量不足，均可造成体内缺镁，胎儿死亡率及先天畸形发生率增加，故应多食含镁丰富的食物，如芝麻、大豆、海带、玉米、菠菜、黄花菜、黑枣、香蕉等。
缺乏微量元素
现已证明，孕妇缺锌可使胚胎发育减慢，各组织器官分化紊乱导致畸形，其中尤以中枢神经系统畸多见，故孕妇每日饮食供锌量应维持在25毫克左古。含锌较丰富的食物有鱼，瘦肉、动物肝肾、花生、蛋、奶制品、芝麻、大豆、核桃、糙米、粗面粉等。孕妇缺铜可使生下的婴儿有大脑萎缩、骨骼变形、心血管异常等先天缺陷，故应多吃些动物肝、猪肉、大豆、芝麻、虾、糙米等含铜丰富的食物。胚胎10一18周是神经系统发育的发育时期，此时缺碘可致甲状腺激素合成不足，会造成神经系统发育缺陷。
药物缺陷
目前已知约有2％到3％的先天性畸形是由药物所引起的，容易引起畸形的药物包括男性荷尔蒙、酒精、某些抗生素（如四环霉素）、抗凝血剂、抗癌药物、镇定剂等，但不是所有的上述药物一定会造成胎儿畸形，机率有高有低。
这些药物影响所造成的畸形不尽相同，但常发生在脑部、心脏血管、颜面和泌尿生殖系统。先天性的胎内感染，也是造成畸形的另一个主因，如德国麻疹、梅毒等。德国麻疹的胎内感染率及致畸形率在前三个月极高，常导致白内障、心脏病及听觉异常，在胎内感染中，最常见的是滤过性病毒（如此上二者），但目前尚未发现有滤过性病毒引起的流行性感冒，导致先天性胎儿畸形的病例。
化学物质的污染
另外化学物质的污染，例如铅、汞等，均是常见的畸胎原，易导致胎儿生长迟滞，神经系统及智力上的障碍。这种污染常见于工业废水污染河川，但这种化学物品的中毒，均是长时间累积而造成的，孕妇大可不必过分担忧。
放射线
放射线的暴露，也是孕妇担忧的另一种畸胎原，其致畸形的效应常视放射线的剂量而定。一般的胸部X光照射，并不足以引起胎儿畸形，但累积的剂量越多，或照射的部位越靠近子宫的话，畸形的危险性越高。
咖啡或茶所含的咖啡因及电脑显示器的辐射量，是否会造成畸形，目前均尚未被证实。