益生菌（Probiotics）较为专业的说，是指投入后通过改善宿主肠道菌群生态平衡而发挥有益作用，达到提高宿主（人和动物）健康水平和健康佳态的活菌制剂及其代谢产物。
目前应用于人体的益生菌有双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌、大肠杆菌、枯草杆菌、蜡样芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、丁酸梭菌和酵母菌等。常见益生菌主要指两大类乳酸菌群：一类为双歧杆菌，常见的有婴儿双歧杆菌，长双歧杆菌，短双歧杆菌，青春双歧杆菌等；另一类为乳杆菌，如嗜酸乳杆菌，干酪乳杆菌，鼠李糖乳杆菌，植物乳杆菌和罗伊氏乳杆菌等。
以前抗生素能杀灭多种细菌并有效治疗许多疾病，因此得到了大家的青睐。但由抗药性带来的副作用逐渐使人们变得忧心忡忡。而到了21世纪，如何预防疾病成了主流的观念。这时，益生菌产品受到了普遍的接受和喜爱，人们可以不用顾及副作用，随时可以从食品中吸取。具有“已病治病，未病防病，无病保健”的特点。
我们生活在一个竞争激烈的时代，压力重重，环境日趋恶化，污染比较严重；饮食结构不合理，畜肉类和油脂类食物消费过多，而谷类食物摄入不足，食品加工过精过细；还有抗生素类药物使用过多过滥等等。这些饮食和环境的变化，都使我们体内的菌群，包括它们的组成、数量和平衡发生了很大的改变。使我们处于亚健康状态。而体内肠道菌群失调又会引起一系列潜在的疾病。因此，我们十分有必要补充有益菌。
国内外学者研究发现，益生菌的保健作用一般可以概括为以下几个方面：
①整肠作用，调整微生态失调，防治腹泻
益生菌活着进入人体肠道内，通过其生长及各种代谢作用促进肠内细菌群的正常化，抑制肠内腐败物质产生，保持肠道机能的正常。对病毒和细菌性急性肠炎及痢疾，便秘等都有治疗及预防作用。益生菌和很多慢性胃炎，消化道溃疡等消化道疾病有密切的关系。一部分的益生菌能抗胃酸，粘附在胃壁上皮细胞表面，通过其代谢活动抑制幽门螺旋杆菌的生长，预防胃溃疡的发生。
②缓解乳糖不耐症状，促进机体营养吸收
益生菌有助于营养物质在肠道内的消化。它能分解乳糖成为乳酸，减轻乳糖不耐症。双岐杆菌和乳酸杆菌不仅可以产生各种维生素如维生素B1、B2、B6、B12 、烟酸和叶酸等以供机体所需，还能通过抑制某些维生素分解菌来保障维生素的供应。另外，双岐杆菌还可以降低血氨改善肝脏功能。
③预防阴道感染
不少益生菌有酸化泌尿生殖道的作用。它可以通过降低pH值来抑制有害细菌的生长。还可以通过与有害细菌竞争空间和资源而遏制它们。
④代谢产物产生生物拮抗，增强人体免疫力
益生菌可产生有机酸、游离脂肪酸、过氧化氢、细菌素抑制其它有害菌的生长。通过“生物夺氧”使需氧型致病菌大幅度下降，益生菌能够定殖于粘膜、皮肤等表面或细胞之间形成生物屏障，这些屏障可以阻止病原微生物的定殖，起着占位、争夺营养、互利共生或拮抗作用。并可以刺激机体的非特异性免疫功能，提高自然杀伤(NK)细胞的活性，增强肠道免疫球蛋白IgA的分泌，改善肠道的屏障功能。
⑤缓解过敏作用
过敏是一种免疫疾病，是人体内免疫功能失调出现不平衡的状况。有过敏体质的人当外来物质或生物体刺激免疫系统产生免疫球蛋白（IgE） 数量过多，使其释放出一种叫组织胺的物质从而引发过敏症状。益生菌疗法是目前国内外流行辅助治疗过敏的有效方法之一。能利用益生菌调节体内免疫球蛋白（IgE）抗体，达到缓解过敏的免疫疗法。
⑥降低血清胆固醇
可能与其调节和利用内源性代谢产物并且加速短链脂肪酸代谢有关。双歧杆菌、乳杆菌的微生态制剂，服后可使胆固醇转化为人体不吸收的粪甾醇类物质。从而降低胆固醇水平。
⑦预防癌症和抑制肿瘤生长
乳酸杆菌能提高巨噬细胞的活性，并能防止肿瘤的生长。益生菌可抑制肠道内某些酶的活性，如β—葡糖醋酸酶、β—葡糖醛酸酶、尿素、酶、硝基还原酶、偶氮还原酶等。这些酶可能参与肠道内致癌物的形成。胆盐经肠道碰到有害菌可能发生解离，就会产生致癌物质，容易引起肠癌。但益生菌可以抑制有害菌，即使有胆盐的存在，致癌率也大大降低。