流脓、肿块、疼痛、潮湿发痒等都是肛瘘的症状，一旦得了肛瘘，患者会感觉很痛苦，可是更痛苦的是肛瘘反复发作，让患者束手无措。
一、全身症状：一般肛瘘明显症状不存在，复杂而病期长的，常有排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状，继发感染时，有不同程度的体温升高等全身中毒症状。如为结核性肛瘘，可有低热、盗汗等症状。
二、局部症状：肛瘘明显症状主要表现在瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。
肛瘘明显症状包括：
(1)内外瘘时常有粪便和气体与脓汁混在一起，从外口流出。瘘管与膀胱、尿道、子宫、阴道相通时，都有其特殊表现。
(2)肿块：肛缘索条状硬块，常为患者的主诉之一，炎症急性发作时外口若封闭，引流不畅时肿块增大这是肛瘘明显症状之一。
(3)瘙痒：因肛内黏液分泌物增多或外口周围脓液的刺激常致肛门皮肤遭殃或湿疹是肛瘘明显症状之一。
(4)疼痛：平时一般疼痛不明显。脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，并有明显压痛，脓液引流后疼痛减轻。
总之，一旦形成肛瘘，则会有如下三个特点：
一、脓液淋漓不断：反复感染，炎症经常刺激，脓水不断从外口流出、污染内裤。
二、不能自然愈合：由于肛门括约肌的收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液排出而难愈合；瘘管弯曲、引流不畅；脓腔缩小、腔壁有结缔组织增生而坚硬也很难粘连愈合。
三、反复发作、病程缠绵、病情复杂：由于瘘管大多呈弯曲形，使引流不畅，外口容易闭塞，出现假性愈合；当脓腔压力大时，脓液可流向括约肌间隙而蔓延扩散、形成新的脓肿，破溃后成新的外口，所以病程缠绵的瘘管可有多个外口、多个分管或演变成高位复杂肛瘘。