PBC治疗的关键是抑制异常的免疫反应，减轻郁积胆汁的毒性作用。一个的多中心对照实验证明，熊去氧胆酸（UDCA）治疗组与安慰组比较，UDCA对高胆红素血症、腹水或消化道出血有显效。此后的几个对照研究表明生化指标有所改善，而仅有一项研究表明UDCA可改善患者症状。对组织学的改善存在争议，有研究表明UDCA无组织学改善作用，而其他研究表明UDCA可改善碎屑样坏死、汇管区和小叶间炎症、胆汁郁积及胆管缺失。然而，根据Ludwig的标准，UDCA治疗对肝纤维化和组织学分级无影响。重要的是，UDCA可减缓PBC的进程，降低原位肝移植（OLT）的必要性。Bounand等证明血清胆红素水平是UDCA治疗的PBC患者的有效预后因素，因为UDCA治疗后血清胆红素水平恢复正常与临床表现改善有关。另外，UDCA治疗对减缓门静脉高压的形成有积极作用。两项对照研究结果表明用UDCA治疗的患者发生食道静脉曲张的机率下降。UDCA对PBC的自然病程有一定的作用，有些学者将UDCA与其他药物合用，如强的松、硫唑嘌呤、氨甲喋呤和秋水仙素等，以加强UDCA的治疗作用。但尚未有研究提供较UDCA单剂治疗更为有效的转归。因为其潜在的有效性，很好的耐受性和无显着的毒性作用，PBC患者宜推荐用13-15mg·kg-1·d-1的UDCA单独应用治疗。更低的剂量，除了改善肝脏转氨酶外，无其他作用。UDCA与其他药物（免疫抑制制剂）合用可能增强其治疗效果，但目前仍需限制在临床对照研究中。
现知谷胱甘肽及其结合物是促非胆汁酸依赖胆汁流的主要成分，这两者的缺少可导致肝内胆汁郁积。这一药物已被广泛应用于妊娠期胆汁郁积、药物性胆汁郁积、原发性胆汁性肝硬化、病毒性肝炎、酒精性胆汁郁积等，一些多中心随机双盲数百例的研究证明了它的效用。一般是500mg加于5%糖水500ml或250ml内静滴，每日2次，连续2周，以后改口服同一剂量的片剂达1-2月，瘙痒、乏力有改善，血清胆红素、ALP及ALT下降。肝硬化患者常有腺苷蛋氨酸合成酶活性降低，肝内谷胱甘肽含量减少，补充腺苷蛋氨酸后转甲基化及转硫基化均见改善，肝内谷胱甘肽明显提高。
实验研究胆汁郁积大鼠的大脑内雅片肽受体明显减少。一组29例胆汁郁积痛痒病员发现纳络酮能明显减轻瘙痒，与安慰剂组比，显着有效，但未完全消除，疑尚有其他因素参与，但也证明了中枢神经系统鸦片肽的改变导致胆汁郁积瘙痒的假说。纳络酮静滴与皮下注射均有治疗作用，但长期应用不方便。另有一种名Nalmefene的药，其化学结构与纳络酮相似，但有口服生物利用度高，对鸦片肽受体拮抗作用强，以及半寿期长的优点，宜从小剂量开始，每次2mg，每日2次，在几周内逐渐递增至维持量。据认为它能增加神经元表面的鸦片肽受体，对瘙痒有持续作用，但胆汁郁积的血液生物化学无改变。
中药有利胆退黄、降酶作用，如柴胡10g、白芍10g、茵陈15g、黑山栀10g、郁金15g、垂盆草15g、玄参15g、丹参15g、生大黄10g这一方剂。柴胡、白芍保护肝细胞，柴胡降低胆固醇、甘油三酯，还有刺激内源性皮质激素分泌的作用，糖皮质激素抑制炎症细胞因子与炎症介质；茵陈、郁金、生大黄促胆汁分泌，黑山栀降低血清胆红素水平；垂盆草、玄参降低肝酶；丹参有钙通道阻滞剂及抗氧自由基作用，并改善微循环；生大黄促进肠蠕动导致轻泻，中断肠肝循环，这一作用在胆汁郁积中特别重要，正常情况下，胆汁酸池约3-5g，肠肝循环每日6-8次，胆盐的分泌每日约18-40g，生大黄中断胆红素与胆汁酸的肠肝循环在整体治疗中占十分重要的地位。生大黄还松弛Oddi括约肌，对肝外胆管梗阻有结石者亦有排出结石之效，该方对肝外胆汁郁积非癌肿引起者也可应用。