阿米巴肝脓肿患者应卧床休息、摄取高蛋白、高热量饮食，补充维生素。营养不良时加强支持疗法，注意水、电解质平衡，适当输血或白蛋白。治疗的关键在于合理而及时地应用抗阿米巴药物、酌情辅以肝穿刺抽脓，必要时行外科治疗。
抗阿米巴药物治疗
(1)灭滴灵(甲硝唑，Metronidazole)：对肠内、外阿米巴滋养体及肠内之包囊均有杀灭作用，疗效高、毒性小，是目前治疗阿米巴肝脓肿的首选药物。它通过耗竭氧化一还原反应所需的辅酶I，使病原体的氧链发生断裂，并产生毒物，促使阿米巴死亡。
成人每次用量0．4～0．6g，一日3～4次，20天为一疗程。一般用药后2天内开始见效，3～4天临床症状好转，6～9天体温可达正常。如经～疗程病情有好转，但未痊愈者，应继服1～2疗程，若用药时间太短或剂量不足，可致效果不明显或复发。
此药一般无副作用，偶存恶心、呕吐、皮疹、皮肤瘙痒、或一过性白细胞下降等。服药期间尿液可带棕红色，妊娠3个月内的孕妇、哺乳期的妇女或有中枢神经系统疾病者忌用。
(2)替硝唑(甲硝磺酰咪唑，Tinidazole，Fasigyn)：为硝基咪唑衍生物，其杀灭阿米巴原虫作用及对肠内、肠外阿米巴病的疗效与甲硝唑相似且毒性略低。
其血浆半衰期为12～24h，口服1次有效皿浓度可维持72h，故具长效之优点，成人每日一次2g，连服3～5天。使用替硝唑患者与甲硝唑组相比，其脓腔缩小所需时间较短，肝区疼痛消失较早，不良反应亦较少。故替硝唑是治疗本病的良好药物。
(3)氯喹(Chloroquine)：其杀灭阿米巴的作用可能是选择性地插入病原体DNA到碱基对中，从而干扰模板作用、抑制核酸和蛋白的合成，妨碍原虫的单体分裂所致。常用21天疗法，第1、2天每日2次，每次0．5g，以后每日2次，每次0．25g。
(4)吐根碱(依米丁，Emetine)：为抗阿米巴药中作用最强，效果最快者，但其毒副作用大，现已弃用。
(5)抗肠内阿米巴药：阿米巴肝脓肿多源于肠腔内阿米巴病，故还需清除肠内阿米巴原虫。一般可使用双碘喹啉，0．6g，一日三次，连服10～14天。