流行性出血热以热疫毒邪为主因，故治疗原则为清热解毒，顾护津液。本病病急证验，病初切忌辛温助阳发汗，也不可固执一法而终，应中西医结合运用多途径给药，以防变生险证。
1、发热期
（1）邪郁卫分：治法：辛凉解表，清热解邪。常用银翘散加减。银花、连翘、板蓝根解毒清热；薄荷透表；桔梗甘草轻宣肺气；鲜芦根生津止渴；黄芩清上焦之火；丹皮、丹参凉血化瘀；白茅根利尿祛湿，凉血清热。恶寒甚，卫表症状重加荆芥穗、豆豉、牛蒡子；渴甚加天花粉；壮热面赤如醉，脉洪为卫气同病，可加石膏；腰痛者加杜仲、知母；面红赤，胸腋瘀点外露，为“卫营”并见，加生地、赤芍、白薇等。
（2）热在气分：治法：辛凉清气，滋阴解毒。常见白虎汤加减。石膏清泻里热；知母清热生津；加双花连翘、板蓝根清热解毒；加麦冬、元参生津滋阴；竹叶清热利尿；大黄通腑泄热。
（3）热入营血：治法：清热解毒，清营凉血。常用清瘟败毒饮加减。方中石膏、知母清阳明气分大热；犀角（或水牛角代）、生地、丹皮、玄参清营凉血解毒；黄芩、栀子、银花清热泄火解毒：竹叶清心除烦；大黄通腑泄热；甘草调和诸药。出血重加三七粉、大小蓟；神昏谵语加安宫牛黄丸；痉厥抽搐加钩藤、僵蚕、羚羊粉等。
2、低血压期
（1）热厥：治法：清气凉营。益气生津，扶正祛邪。常用生脉散合清营汤加减。方中犀角、生地清营凉血；银花、连翘、黄连清热解毒；元参、麦冬滋阴生津；合用人参益气养阴。兼口渴、舌绛苔黄躁加用石膏、板蓝根；昏谵显著加安宫牛黄丸一丸化服；顺逆者加柿蒂10个，枳实6g;出血明显者加三七粉6g冲服。
（2）寒厥：治法：回阳救逆。常用方生脉散合参附汤。方中人参、附子回阳益气；麦冬、五味子生津止渴敛汗。汗出不止者加煅牡蛎、煅龙骨；正气衰者加用黄芪等；昏谵者加至宝丹化服。
3、少尿期
（1）热瘀阻闭：治法：凉血化瘀，通下利尿。常用方药有犀地猪苓汤加减。犀角、生地清热凉血；赤芍、丹皮凉血散血；猪苓、泽泻、滑石清热利湿，大黄清热降火等。
（2）肾阴衰竭：治法：补益气阴，滋肾利水，常用加味知柏地黄汤。配用导泄药，番泻叶15～30g，2次分服。此期可用中药透析一号：大黄30g、丹参30g、黄芪30g、槐花20g、红花20g、板蓝根12g，制成1000m1，结肠透析，每日6～8次。
（3）湿热犯肺：治法：泻肺利水，化瘀导滞。常用葶苈大枣泻汤合承气汤加减。痰多加竹沥、天竺黄、栝蒌。瘀滞严重加丹皮、桃仁、赤芍。
少尿期其它配用方药：
（1）导泻逐水疗法：①桔梗白散：桔梗、贝母、巴豆霜各400mg，冲水口服。②大黄、芒硝导泻：大黄30～60g、芒硝15g，泡水口服。③番泻叶导泻：番泻叶15g泡开水500m1，每小时1次，连服2～3次。或番泻叶15～30g煎至100m1，日分2次。
（2）中药结肠透析疗法。
（3）肾区热敷法：适用于肾失化气行水，膀胱无尿尿闭者。方药组成：丹参30g、桃仁15g、佩兰15g、赤芍15g、木香12g、细辛5g、忍冬藤15g、车前子20g、桂枝15g。每日两剂，加水适量煎30分钟，装入布质药袋，置于双肾区，持续湿热敷，冷则再行蒸热使用。
4、多尿期：肾气不固。证见尿频量多，入夜尤甚，倦怠无力，头昏耳呜，口渴多饮，舌红苔少而干，脉虚大。严重者可因正气过损，再度虚衰。治以补肾固摄，育阴生津。常用右归丸加减。津液耗损明显，加用生地、玄参、麦冬育阴生津。
5、 恢复期：气血两虚。证见头晕，腰酸、困倦无力，苔少舌质淡，脉虚软。治以调理脾胃，益气养血。常用八珍汤加菟丝子、制首乌、鸡血藤、陈皮、谷芽等。