腓骨肌萎缩症常于儿童或青春期隐袭起病，男性多于女性，进展缓慢，多数病人肌萎缩和肌无力从下肢远端肌肉（腓骨肌，伸趾总肌和足部小肌肉）开始，逐渐向上发展，且对称，少数病人也可从手部开始，肌萎缩常有明显界限，下肢不超过大腿的下1/3部位，酷似“倒置的酒瓶”（称“鹤腿”），由于肌萎缩可出现弓形足，足下垂及马蹄内翻畸形等，但肌力相对仍较好，与肌萎缩不成比例，上肢肌萎缩多从手部小肌肉开始，但通常不超过前臂下1/3部位，四肢腱反射减弱或消失，跟腱反射消失多见，可有四肢套式感觉障碍，同时伴有皮肤粗糙，肢端发凉，少汗或发绀等自主神经功能障碍，偶见有视神经萎缩，视网膜变性和眼球震颤等改变，以上临床表现常为典型CMTⅠ型病人，常染色体隐性遗传病人可伴有共济失调，脊柱侧凸等改变。腓骨肌萎缩症的症状主要分为脱髓鞘型和轴突型：
I型（脱髓鞘型）
儿童晚期或青春期发病，对称性周围神经进行性变性导致远端肌萎缩，开始是足和下肢，数月至数年可波及到手肌和前臂肌，拇长伸肌、腓骨肌和足固定肌等伸肌早期受累，屈肌基本正常，产生马蹄内翻足和爪形足畸形，长板油脊柱侧弯、弓形足、垂足或跨域步态。检查可见小腿肌肉和大腿的下1/3肌肉无力和萎缩，形成鹤腿或“倒立的香槟酒瓶”状，足屈曲力减弱或丧失，受累肢体腱反射消失。手肌萎缩，并波及前臂肌肉，变成爪形手，萎缩很少波及肘以上部分或大腿的中上1/3部分。病程非常缓慢，在很长时期内都很稳定，脑神经通常不受累，部分病人虽然存在基因突变，但无肌无力和肌萎缩，仅有弓形足或神经传导速度减慢，有的甚至完全无临床症状。
II型（轴突型）
发病晚，成年开始有肌萎缩，部位和症状与I型相似，但程度较I型为轻，临床上，按症状组合有多种变异型，如肩胛、腓骨肌萎缩型、视神经萎缩型，弗里德赖希共济失调若伴有腓骨肌萎缩，则称腓骨肌萎缩型共济失调，即Roussy-Levy综合征。