肠易激综合征（IBS）病因及发病机制尚未有明确的研究证实，目前认为多个因素均可诱发IBS，如肠动力失调、内脏感觉过敏、脑—肠轴功能异常及精神心理因素等。近来，越来越多的研究证实，IBS患者存在肠道黏膜低度炎症-免疫激活，甚至有人提出IBS和炎性肠病可能代表着肠道慢性炎症的两个极端。北京大学第三医院消化科段丽萍教授报告了肠道黏膜免疫在IBS发病中的作用。
既往有明确胃肠道感染病史的IBS亚型被称为感染后IBS（PI-IBS）。近来的研究证实，无论既往是否有胃肠炎病史，IBS患者肠黏膜均存在炎症细胞（肥大细胞、淋巴细胞等）浸润、细胞因子（肿瘤坏死因子ɑ、白介素等）增多等肠黏膜免疫激活表现，Toll样受体4（TLR4，该受体为连接先天性免疫及获得性免疫的桥梁）表达明显上调。
IBS患者存在肠道黏膜免疫激活
精神心理应激
段丽萍等的研究证实，抑郁大鼠的肠黏膜炎症更明显；注射促肾上腺皮质激素释放因子（CRF）模拟应激可致肥大细胞介导的细菌黏附并移位；慢性应激可破坏结肠肠上皮屏障功能。这均提示精神心理应激参与了肠道黏膜免疫激活。
精神心理应激主要通过以下三条通路影响肠黏膜免疫：① 应激可导致CRF分泌增加，CRF1/2等可直接作用于肠黏膜免疫细胞；② CRF通过增加糖皮质激素分泌间接影响肠黏膜免疫功能；③ 激活自主神经通路，影响肠黏膜免疫功能。
肠道菌群紊乱
IBS患者可能存在肠道菌群数量变化及比例失调，有学者报告，70%的IBS患者存在小肠细菌过度生长。有研究显示，IBS患者粪便中的益生菌减少，而大肠埃希氏菌等致病菌明显增加。
肠道菌群种类繁多，多数处于平衡状态。正常肠黏膜屏障可透过少量细菌，共生菌可刺激机体产生免疫耐受。在肠道菌群紊乱或肠黏膜屏障受损时，大量细菌与黏膜下免疫细胞接触，引起免疫活化及炎症反应。
感染
PI-IBS患者肠黏膜炎症细胞数目增多，提示感染参与肠道黏膜免疫激活。
细菌等病原体可能通过以下四个途径激活黏膜免疫：① 刺激肥大细胞活化脱颗粒，释放组胺、蛋白酶等，增加肠黏膜通透性而致细菌移位，活化黏膜下神经元；② 移位的细菌作用于单核巨噬细胞，促进炎症因子及趋化因子的释放，通过上调内皮细胞间黏附分子1的表达来趋化白细胞，后者进一步增加诱导型一氧化氮合酶及环氧合酶2的合成，从而抑制肠道动力；③ 嗜铬细胞释放5-羟色胺，促进肠蠕动、内脏感觉及分泌；④ 淋巴细胞释放细胞因子等。
