1、安全性、无致病性
好的益生菌对于服用者必须是安全的，符合国家法规，是非致病性菌株，对人体健康没有副作用，这不仅要有实验证明，还要有长期使用的验证。1996年，欧盟发动了“益生性功能食品营养功效的论证”计划，制定了益生菌类食品的安全标准。2001年，我国卫生部公布了可用于保健食品的益生菌菌种名单。美国的FDA也列出了“一般被认为安全的”（GRAS）的益生菌目录。一些来自人体的乳酸杆菌和双歧杆菌，一般被认为是安全的。
必须注意的是同一品名的菌株并不代表其功效完全相同，每一菌株都可按其特定的菌株号区别，而基于该菌株号的试验和使用历史更有说服力。换句话说，益生菌不同的功效高度依赖于“菌株的特定性（strainspecific）”。
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2、具有活性
好的益生菌产品，服用时是要有活性的。大家一定要擦亮眼睛，注意查看产品说明上益生菌的数量，尤其是保质期内的活菌数，而不是生产或出厂时的活菌数，有些发酵乳饮料是完全不含有活菌的。影响益生菌活性最大的敌人就是：高温、水和空气。通常状况下，在液体的基质（牛奶、酸奶）中生长的益生菌只能存活3天到2周，接触氧气就会降低益生菌的稳定性。目前延长益生菌存活时间的最好方法就是将益生菌冷冻干燥后保存。这些干燥的菌粉一旦接触水分，就会“复活”。所以，最好能选择用铝箔包装的冲剂或胶囊包装再加铝箔材料密封的益生菌产品。
3、能保证“活着”到达肠道
好的益生菌应该是耐胃酸、耐胆汁，能够活着到达人体的肠道。在厂家提供的资料中应该有介绍菌株抗胃酸和胆汁的试验结果。
优良的益生菌还必须具有良好的肠上皮细胞的黏附性。益生菌只有定植在肠上皮细胞上才能发挥作用，其与有害菌黏附性的竞争力将决定该益生菌的好坏。
同时目前对益生菌的保护技术也在不断创新，例如拉曼集团罗赛尔研究所就有两项益生菌保护技术：Probiocap. (微胶囊技术，提高益生菌对抗胃酸，压力及高温的能力)和Star.（肠溶技术，保护益生菌免受胃酸的损害）。
4、经临床验证的有效性
好的益生菌还应该经权威机构证实其有效性，最好是有大量的科学研究和临床试验支持，可以在生产商的网站上查看是否有与产品所用菌株相关的文献资料。
同时消费者也可根据产品是否有国家食品药品监督管理局的保健食品批文（俗称“蓝帽子”）来判断。有保健食品批文的产品是经过各种试验证实了产品的安全性、有效性和稳定性的。
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5、需要补充多少益生菌
客观地看，如果我们不改变健康的饮食方式、不受食物链的污染、没有抗生素过度使用的问题，我们只需从日常饮食中补充酸奶、奶酪、酸奶酒、泡菜等富含益生菌的食品就可以了。但现实中，我们正处于一个益生菌大量缺失的生存环境，我们不得不额外补充益生菌来预防疾病，保卫健康。日常的保健或预防治疗一些小病，那么一开始需要每天摄入5亿～50亿个菌落形成单位的益生菌。如果需要预防像哮喘这样的疾病，那么每天大约需要补充60亿～100亿个菌落形成单位的益生菌。科学家们让极有可能产出患有哮喘婴儿的准妈妈们每天摄入100亿个菌落形成单位的益生菌，结果发现，这个剂量的益生菌有助于降低宝宝们患哮喘的风险。
新西兰的研究者们每天给30位63～84岁健康的老年人提供含有50亿个菌落形成单位益生菌的牛奶，3周后发现他们的免疫力有一定程度的增强，且没有人出现任何不良反应。要预防旅行者腹泻，每天也要补充100亿个菌落形成单位的益生菌。
如果想用益生菌治疗某种疾病，每天大概需要摄入200～300亿个菌落形成单位的益生菌。在波兰开展的一项研究中，科学家们让因急性感染性腹泻住院治疗的儿童每天摄入240亿个菌落形成单位的益生菌，结果表明，这个剂量的益生菌显著缩短了他们的病程，而且没有出现任何副作用。临床研究还发现，用这个剂量来补充益生菌，可以改善儿童的过敏性皮炎。
总结一下，日常的保健及防治一些小病每天至少应摄入5亿～100亿个益生菌；如果希望防治某些与益生菌缺失关联的疾病，每天要保证摄入60亿～300亿个益生菌。
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