帝王，大多偏爱补药，而康熙对补药则有所戒。对补药，他曾说过这样一段话：“服补药大无益。药性宜于心者不宜于脾;宜于肺者不宜于肾。朕尝谕人勿服补药。药补不如食补。夫好服补药者，犹人之喜逢迎者。天下岂有喜逢迎而可为善乎?
一个人的健康标志，体现在心理和体质上。对于心理的调节，康熙多通过练书法以求得“宽怀”(舒心)。他曾亲自总结了一条经验，叫做“宽怀只有数行字”，“数行字”就能得到“宽怀”之效。按现代医学解释，练习书法可对脑神经起到调节、放松、消除疲劳的作用，还可锻炼人的耐心，培养人的意志，从而获得身心健康。康熙在《仿二王墨迹》诗中说“案上露凝铜雀润”——虽然书案上和铜雀(香炉)上凝聚了欲滴的露珠，但仍然是“象管(象牙笔杆)挥时在正心”。这“正心”二字，体现了他练书之专，养志之诚，娱心之深。对于个人体质，康熙一生勤于治理朝政，深悉体质的重要，他认为“恒劳而知逸”，在日理万机之暇，还在宫内种植蔬菜。在秋高气爽之时，则到木兰围场，急马奔走，狩猎骑射，以舒展筋骨，增强体质。
十七世纪初，日尔曼人邓玉函的《泰西人身说概》和意大利人罗雅谷的《人身图说》及法国人皮理的《人体解剖学》等相继传入中国。为了学习西方医学，康熙令在清廷供职的法国传教士白晋及宫廷画家等人，专门画了一些解剖图象，还叫传教士巴多明将《人体解剖学》译成中文，希冀“造(福)于社会”，挽救“人之生命”，这在当时的封建社会，实属难能可贵。
对于西药，康熙对治疟药金鸡钠有着特别的兴趣，原来康熙32年，他患了疟疾久治不愈，众医束手无策，恰逢法国的传教士洪若翰、刘应入京闻知，特进献金鸡纳，康熙服之而愈，大喜，给予重赏，赐广安门内广厦一所。此后康熙视金鸡纳为奇药，并把它作为“御制圣药”转赐患疟的大臣，以示恩宠。为了研究推广西药，康熙还恩准在宫中开设了实验室，供传教士制西药用。有时康熙还亲自给官员问病开方，中西药并用。他在宫内试种牛痘预防天花，效果较好。其后下诏推广，让边外四十九旗及喀尔喀——蒙古人也种牛痘。“初种时年老人尚以为怪”，康熙“坚意为之”。
