人类因了解不够以致过度使用抗生素。少有法规限制动物饲料中的抗生素，造成食物链污染。
由于抗生素的过度使用，在中国，细菌整体的耐药率，要远远高于欧美国家，大约为45%。抗生素，中国人习惯叫“消炎药”，作为家庭的最常备药，人们只要有点儿头痛发热，都会习惯性地吃上几片。中国人均年消费量在138克左右——这一数字是美国人的10倍。以上海市为例，近几年抽查发现，40多家样本医院使用的各类药物中，抗菌药物的费用高居首位，年消耗5亿～9亿，约占全部药品费用的1/3。在所有药品里，消费前10位中，抗生素占去半壁江山，如头孢拉定、头孢曲松、环丙沙星、左氧氟沙星等。
医院是过度使用抗生素最严重的地方，也正是“超级细菌”产生的温床。美国传染病学会前主席罗伯特.莫勒林说，MRSA最早就出现在重症监护病房中。10年以前，有关它的所有病例，都发生在医院或者疗养院里。因为分娩感染，妇产科长期以来也都是过度使用抗生素的重灾区。调查发现，在中国住院患者中，抗生素的使用率达到70%，外科患者更是几乎人人使用，比例高达97%。
抗生素的过度使用主要是因为人们大多对其功能理解的不彻底，使用不科学造成的。例如，本应该经过化验证明是细菌感染的病人，才实施抗生素治疗，但是很多病毒性的疾病也盲目的使用抗生素了，抗生素对病毒却是没有任何治疗效果。抗生素有自身起作用的细菌菌谱，可惜往往没有针对特定细菌采用特异性的抗生素，大家都喜欢用广谱的抗生素。这一切都会导致抗生素的过度使用。
抗生素和石油、煤炭一样，也是一种不可再生的自然资源。按照目前的态势发展，“新的‘超级细菌’还会陆续出现，或许10～20年内，现在所有的抗生素对它们都将失去效力。”据1995-2007年疾病分类调查，中国感染性疾病占全部疾病总发病数的49%，其中细菌感染性占全部疾病的18%～21%。也就是说，真正需要使用抗生素的病人数不到20%，其他的抗生素的使用，应该属于滥用范围。更严重的是，不论是医生还是患者都乐意使用新型、广谱抗生素，而这些本来是应该用于严重感染、挽救患者生命的。医院使用最多的10种抗生素中，超过一半都是新型抗生素。
与此同时，抗生素在养殖业中的应用突飞猛进。在中国，每年有一半的抗生素用于养殖业。这些的抗生素被大量地添加到动物饲料中。这样做的后果是，在农场周围的空气和土壤中、地表水和地下水中、零售的肉和禽类中，甚至是野生动物体内到处都充斥着抗生素。这些抗生素可以通过各种途径，在人体内蓄积。它不仅会导致器官发生病变，而且能把人体变成了一个培养“超级细菌”的小环境。现在有许多携带“超级细菌”的患者，既没有传染病史，也没有住过医院，病因十分蹊跷，这很可能与环境有关。
欧盟于2005年底，结束了最后4种允许添加在饲料中的抗生素的使用，分别是：莫能霉素 -钠（Monensin Natrium）、盐霉素-钠（Salino-mycin-Natrium）、卑霉素(Avil-amycin)和黄霉素(Flavophospholipol)。欧盟在2006年已全面禁止抗生素在饲料中的使用。欧盟的立法者一直坚持对牛的6种促生长激素不予批准在饲料中使用。欧盟议会的环境委员会声称，这些激素会对人类健康产生负面影响，对处于青春期前一段时期的孩子尤其危险。整个欧盟区内都不允许奶牛养殖时使用激素。相对保守、以安全为先的欧盟政策，是欧洲长期以来优质奶源卓越声誉的基础。在我国，政协委员张晓梅多次建议立法禁止禽畜饲料使用抗生素，她指出饲料中添加抗生素会导致细菌产生耐药性、诱发二重感染、增加人体严重的不良反应。
伴随抗生素的使用，还有一个明显的副作用就是免疫系统疾病的发生。由于抗生素能够杀死消化道内的细菌，所以在任何一个服用抗生素的患者体内，益生菌都可能处于短缺状态。研究者惊奇的发现，抗生素的使用和过敏性疾病之间存在着某种关联。随着抗生素的普及使用，感染性疾病的发病率有了明显的下降，与之伴随着的是过敏性疾病的发病率却逐年上升。从20世纪60年代开始，哮喘等过敏性疾病的发病率逐年升高， 20世纪80年代开始，发病率急剧升高。根据美国相关机构的报告， 1980—1995年， 5～14岁的儿童患上哮喘的发病率增长了80%以上；在15～64岁这个年龄段，哮喘的发病率也升高了70%以上；然而对于0～4岁的婴儿，他们患上哮喘的发病率骤增了1.6倍。抗生素的过度使用，导致人体中特别是消化道内，益生菌缺乏无疑是引起这一类疾病发生的重大原因。
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刊登在 2002年《过敏与临床免疫学杂志》（ Journal of Allergy and Clinical Immunology）上的一篇论文，介绍了由英国科学家开展的一项大型研究。研究人员调查了近30000名儿童后发现，在出生的第一年服用抗生素可能会导致哮喘、湿疹和干草热。儿童服用的抗生素越多，患哮喘、湿疹和干草热等过敏性疾病的几率就越大。
美国的劳伦斯.威尔森医生2008年10月发表网络文章为抗生素列举了10大“罪状”：
1. 增加患癌症的风险。
2. 过敏反应。
3. 瓦解肠内有益菌群，破坏肠道生态平衡。
4. 增加微生物的耐药性。
5. 迟滞免疫功能。
6. 假丝酵母菌(如念珠菌)过分增多并引起对肠子更有害的感染。
7. 引起慢性疲劳综合征。
8. 由于抗生素虽然没有直接伤害人体，但它解构了体内的有益细菌，降低了肠胃功能，妨碍了矿物质的吸收，而使患者营养不良。
9. 疗效虚假。有些疾病不使用抗生素也能好。
10.成本太高。
使抗生素失效的耐药性细菌不断增加着，人们不得不将目光投向抑制有害菌生长提高机体抵抗力的益生菌。有代表性的益生菌：乳酸菌和双歧杆菌，可以将作为营养来源的糖分解成乳酸或醋酸，肠内保持酸性，可以抑制对身体有害菌的生长。细菌在肠内的势力抗衡也是此消彼长的较量，当有益菌占优势的黏附在肠道壁上，有害菌生长就会受限，较少数量就不足以危害健康。益生菌还可以提升人体的免疫功能，能增加白细胞的活性和抗体的产生。益生菌可促进那些用于免疫细胞相互沟通的物质（细胞因子等）的产生，细胞因子则能激活免疫细胞去吞噬病原体等有害微生物。
益生菌疗法的思路是通过摄入安全无副作用的益生菌，与有害菌竞争，成为优势菌，维持肠道菌群平衡，从而保持身体健康。有的益生菌还可以生成一些独特的细菌素，以阻止有害细菌对人体的伤害。使用抗生素后，就像一场无情的大火烧过一片长了杂草的庄稼地，无论是庄稼还是野草都被毁灭了，肠道菌群被完全破坏，烧过的土地需要重新种植新的庄稼。同样，使用过抗生素后，要及时的补充益生菌，重建良好的肠道菌群。
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