6个月宝宝发烧39度，用药和不用药在体温控制、身体舒适度、病情发展、并发症风险、恢复时间等方面存在区别。

1. 体温控制：用药后，常见的对乙酰氨基酚、布洛芬等药物可作用于体温调节中枢，使宝宝体温逐渐下降并保持相对稳定。不用药的话，宝宝体温可能持续在39度甚至继续升高，难以自行恢复到正常体温范围。

2. 身体舒适度：用药能缓解发烧带来的不适，如头痛、肌肉酸痛等，让宝宝感觉相对舒适，可能会减少哭闹，睡眠和精神状态也会有所改善。若不用药，宝宝会因高热而烦躁不安、哭闹不止，身体处于较为痛苦的状态。

3. 病情发展：合理用药可以抑制病原体的复制和繁殖，减轻炎症反应，有助于控制病情发展。不用药，病情可能会进一步加重，原本可能是普通的上呼吸道感染，可能会发展成支气管炎、肺炎等更严重的疾病。

4. 并发症风险：持续高热可能会引发高热惊厥等并发症，尤其是6个月到5岁的宝宝更容易发生。用药降低体温后，可在一定程度上降低高热惊厥的发生风险。不用药，宝宝发生高热惊厥等并发症的几率会增加。

5. 恢复时间：用药后，身体的免疫系统能在相对适宜的环境下发挥作用，加快清除病原体，宝宝恢复健康的时间通常会缩短。不用药，身体依靠自身免疫系统对抗疾病，恢复时间可能会延长，病程可能会拖得更久。

6个月宝宝发烧39度时，用药和不用药在多个方面存在明显区别。用药有助于更好地控制体温、提高宝宝舒适度、控制病情发展、降低并发症风险以及缩短恢复时间。但药物使用必须遵医嘱，不能自行随意用药。如果宝宝出现发烧39度的情况，建议及时到正规医院儿科就诊，以便获得专业的诊断和治疗。

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