牙龈上长小疙瘩常见病因有根尖周炎、牙周脓肿、牙龈瘤、牙龈纤维瘤病、疱疹性龈口炎等。
1. 根尖周炎：多因牙髓病发展而来，细菌感染牙髓，炎症通过根尖孔扩散到根尖周组织。根尖周组织出现炎症后，炎性分泌物无法排出，会在牙龈处形成瘘管，表现为小疙瘩。治疗时通常先进行根管治疗，清除根管内的感染物质，再进行充填。常用药物有甲硝唑、阿莫西林、头孢克肟等，需遵医嘱使用。
2. 牙周脓肿：是牙周炎发展到晚期出现的伴发症状。牙周袋内的脓性分泌物无法顺利引流，就会形成脓肿，在牙龈表面鼓起小疙瘩。治疗时可先进行脓肿切开引流，缓解症状，之后进行系统的牙周治疗，如洁治、刮治等。常用药物有替硝唑、阿奇霉素、罗红霉素等，具体用药遵医嘱。
3. 牙龈瘤：是发生在牙龈乳头部位的炎症反应性瘤样增生物，可能与局部刺激、内分泌因素等有关。一般表现为圆形或椭圆形的肿块，大小不一。治疗主要是手术切除，切除应彻底，否则易复发。术后可使用一些消炎药物，如克林霉素、左氧氟沙星、奥硝唑等，用药需遵医嘱。
4. 牙龈纤维瘤病：病因不明，可能与遗传有关。主要表现为牙龈广泛的增生，可覆盖牙面，质地坚韧，颜色正常或发白，也可出现类似小疙瘩的表现。治疗以手术切除增生的牙龈为主，以恢复牙龈的正常形态和功能。术后可配合使用一些含漱液，如氯己定含漱液、复方硼砂含漱液、康复新液等，具体使用遵医嘱。
5. 疱疹性龈口炎：由单纯疱疹病毒感染引起，多见于儿童。发病时牙龈会出现成簇的小水疱，水疱破溃后形成溃疡，周围有红晕，看起来像小疙瘩。治疗主要是抗病毒治疗，可使用阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等药物，同时要注意口腔卫生，遵医嘱用药。
牙龈上长小疙瘩可能由多种病因引起，不同病因的治疗方法也有所不同。当发现牙龈上有小疙瘩时，应及时到正规医院口腔科就诊，明确病因后进行针对性治疗。同时，在治疗过程中要严格遵医嘱使用药物，以确保治疗效果和口腔健康。