与非孕期相比，孕期鉴定亲子的难度在于样本获取受限、对胎儿和孕妇有潜在风险、检测时间受限、检测技术要求高、结果准确性受影响等。
1. 样本获取受限：非孕期进行亲子鉴定，可采集血液、毛发、口腔拭子等多种样本，获取较为容易。而孕期能用于鉴定的样本主要是胎儿的细胞，获取途径有限，如羊水、绒毛和孕妇外周血中的胎儿游离DNA。羊水穿刺需在怀孕16 - 22周进行，绒毛取样在怀孕10 - 13⁺⁶周进行，且这两种方式都属于侵入性操作，需要在超声引导下进行，操作有一定难度。孕妇外周血中胎儿游离DNA含量较低，在怀孕早期更是如此，对样本采集和后续检测都提出了挑战。
2. 对胎儿和孕妇有潜在风险：非孕期亲子鉴定的样本采集一般对被鉴定者没有明显危害。但孕期进行亲子鉴定，羊水穿刺可能导致流产、感染、羊水渗漏等并发症，流产风险约为0.5% - 1%；绒毛取样可能引起阴道出血、流产、感染等，流产风险相对较高，约为1% - 2%。这些潜在风险使得医生和孕妇在决定是否进行鉴定时会更加谨慎。
3. 检测时间受限：非孕期任何时候都可以进行亲子鉴定。而孕期亲子鉴定有严格的时间要求，不同的检测方法对应不同的孕周范围。如上述提到的羊水穿刺和绒毛取样，都只能在特定的孕周内进行，如果错过这个时间，就无法采用相应的方法进行鉴定。孕妇外周血胎儿游离DNA检测一般在怀孕12周以后进行，但孕周过小时，胎儿游离DNA含量低，可能影响检测结果。
4. 检测技术要求高：非孕期亲子鉴定的检测技术相对成熟和常规。孕期亲子鉴定，尤其是检测孕妇外周血中的胎儿游离DNA，需要更先进、更灵敏的检测技术，以准确分离和分析胎儿的遗传物质。同时，由于孕妇血液中还存在大量自身的DNA，如何有效去除母体DNA的干扰，准确提取胎儿DNA信息，对检测技术和实验室人员的专业水平要求极高。
5. 结果准确性受影响：非孕期亲子鉴定的结果准确性相对较高。孕期亲子鉴定，由于样本的特殊性和检测技术的局限性，结果准确性可能受到一定影响。例如，在怀孕早期，胎儿游离DNA含量不稳定，可能导致检测结果不准确；羊水或绒毛样本如果受到母体细胞的污染，也会干扰检测结果的准确性。
综上所述，与非孕期相比，孕期鉴定亲子在样本获取、潜在风险、检测时间、技术要求和结果准确性等方面都存在更大的难度。在进行孕期亲子鉴定时，需要充分考虑这些因素，并在专业医生的指导下，选择合适的检测方法，以确保检测的安全性和准确性。