消化不良时做幽门螺旋杆菌检测，空腹一般不会影响检测结果，主要检测方法有尿素呼气试验、胃镜检查、血清学检测、粪便抗原检测、快速尿素酶试验等，这些检测受空腹因素影响较小。
1. 尿素呼气试验：此方法是让受检者口服含有被标记过的尿素胶囊，若胃内存在幽门螺旋杆菌，其产生的尿素酶会分解尿素，通过检测呼出气体中标记物的含量来判断是否感染。食物对尿素酶分解尿素的过程影响不大，所以空腹与否通常不影响检测结果。
2. 胃镜检查：在做胃镜时，可取胃黏膜组织进行相关检测。胃镜检查前需禁食一段时间，主要是为了避免食物残渣影响观察视野，而非因为食物会影响幽门螺旋杆菌的检测结果。即使进食后做胃镜，只要能清晰观察并取到合适的组织，对检测幽门螺旋杆菌的准确性影响较小。
3. 血清学检测：通过检测血液中幽门螺旋杆菌抗体来判断是否感染过。抗体在血液中的存在不受进食的影响，无论空腹还是进食后，血液中的抗体水平相对稳定，所以空腹状态不影响该检测结果。
4. 粪便抗原检测：检测粪便中幽门螺旋杆菌的抗原成分。食物经过消化吸收后，不会改变粪便中幽门螺旋杆菌抗原的存在情况，因此空腹或进食后进行检测，都能较为准确地反映是否感染幽门螺旋杆菌。
5. 快速尿素酶试验：同样是利用幽门螺旋杆菌产生的尿素酶分解尿素的原理。在获取胃黏膜组织后，该试验的反应主要取决于组织中幽门螺旋杆菌的数量和活性，与是否空腹关系不大。
综上所述，消化不良时做幽门螺旋杆菌检测，空腹通常不会影响检测结果。不同的检测方法都有其各自的特点和适用情况，但食物因素对检测的准确性影响较小。不过，在进行检测前，还是建议遵循医生的指导，做好相应的准备工作，以确保检测的顺利进行和结果的可靠性。如果检测结果显示感染了幽门螺旋杆菌，应及时就医，在医生的指导下选择合适的治疗药物，如阿莫西林、克拉霉素、奥美拉唑等，遵医嘱进行治疗。