嗓子咳嗽疼，病因有上呼吸道感染、咽炎、扁桃体炎、过敏反应、环境因素等。
1. 上呼吸道感染：是较为常见的病因，多由病毒或细菌感染引起。病毒或细菌入侵呼吸道，导致呼吸道黏膜充血、水肿，产生炎症反应，刺激咽喉部神经，引发咳嗽和疼痛。治疗时，若为病毒感染，可使用利巴韦林、阿昔洛韦、奥司他韦等抗病毒药物；若合并细菌感染，可遵医嘱使用阿莫西林、头孢呋辛、阿奇霉素等抗生素。
2. 咽炎：可分为急性咽炎和慢性咽炎。急性咽炎通常是由于病毒、细菌感染，或者粉尘、烟雾等有害气体刺激所致。咽喉部黏膜在炎症刺激下，会出现咽干、咽痛、咳嗽等症状。慢性咽炎则多因急性咽炎反复发作、不良生活习惯等引起，症状相对较顽固。治疗上，可使用复方硼砂溶液、呋喃西林溶液等含漱，还可含服碘喉片、薄荷喉片等药物。
3. 扁桃体炎：主要由细菌或病毒感染扁桃体引起，扁桃体红肿、发炎，患者会感觉嗓子疼痛，吞咽时疼痛加剧，同时可能伴有咳嗽症状。对于细菌感染导致的扁桃体炎，常用青霉素类、头孢菌素类药物治疗；若为病毒感染，一般进行对症治疗，可使用清热解毒的中成药，如双黄连口服液、蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液等。
4. 过敏反应：当接触到花粉、尘螨、动物毛发等过敏原时，身体会产生过敏反应，咽喉部黏膜出现水肿、瘙痒，从而引发咳嗽和疼痛。治疗时，首先要避免接触过敏原，可使用抗组胺药物，如氯雷他定、西替利嗪、依巴斯汀等缓解症状。
5. 环境因素：长期处于干燥、寒冷、空气污染严重的环境中，咽喉部黏膜容易受到刺激，导致黏膜干燥、破损，引起咳嗽和疼痛。改善环境是关键，可使用空气加湿器增加空气湿度，外出时佩戴口罩，减少有害气体和粉尘的吸入。
嗓子咳嗽疼的病因多样，不同病因的治疗方法也有所不同。若症状较轻，可先通过调整生活方式和使用一些常用药物缓解症状；若症状持续不缓解或加重，应及时到正规医院的耳鼻咽喉科或呼吸内科就诊，明确病因，进行针对性治疗。