怀孕36周生产的宝宝相较于足月生产的宝宝，在呼吸系统疾病、消化系统问题、体温调节障碍、黄疸以及感染性疾病等方面的患病几率更高。
1. 呼吸系统疾病：怀孕36周时，胎儿的肺部可能尚未完全发育成熟。肺表面活性物质的分泌可能不足，这会导致肺泡的稳定性变差，容易出现肺不张等情况。足月生产的宝宝肺部发育相对完善，能更好地适应外界环境，呼吸功能更稳定，所以怀孕36周生产的宝宝患新生儿呼吸窘迫综合征等呼吸系统疾病的几率明显高于足月生产的宝宝。
2. 消化系统问题：36周出生的宝宝胃肠道功能较弱，消化酶的分泌不足，对营养物质的消化和吸收能力有限。可能会出现喂养不耐受、呕吐、腹泻等问题。而足月生产的宝宝消化系统相对成熟，能够更好地消化和吸收母乳或配方奶，出现消化系统问题的几率较低。
3. 体温调节障碍：怀孕36周出生的宝宝皮下脂肪较薄，体温调节中枢发育不完善，难以有效维持恒定的体温。在外界环境温度变化时，容易出现低体温或体温波动较大的情况。足月生产的宝宝皮下脂肪相对较厚，体温调节能力更强，能更好地适应外界温度变化，患体温调节障碍的几率更低。
4. 黄疸：36周出生的宝宝肝脏功能尚未发育完全，对胆红素的代谢能力较弱，更容易出现黄疸，且黄疸的程度可能更重、持续时间更长。足月生产的宝宝肝脏代谢功能相对较好，黄疸的发生率和严重程度通常低于早产宝宝。
5. 感染性疾病：怀孕36周出生的宝宝免疫系统发育不成熟，免疫功能低下，对病原体的抵抗力较弱，容易受到细菌、病毒等病原体的侵袭，引发肺炎、败血症等感染性疾病。足月生产的宝宝免疫系统相对完善，能够更好地抵御外界病原体的入侵，感染性疾病的患病几率相对较低。
综上所述，怀孕36周生产的宝宝在多个方面的患病几率明显高于足月生产的宝宝。因此，在孕期应尽量避免早产因素，保障胎儿能够足月出生，以降低宝宝出生后的患病风险。如果出现早产迹象，应及时就医，采取相应的治疗措施，尽可能延长孕周。