小腹疼痛有褐色分泌物可能由多种情况导致，如排卵期出血、妇科炎症、内分泌失调、子宫内膜异位症、先兆流产等。
1. 排卵期出血：在排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血，表现为褐色分泌物，同时可能伴有轻微的小腹疼痛。这种情况一般不需要特殊治疗，注意休息，保持外阴清洁，通常2 - 3天可自行停止。
2. 妇科炎症：常见的如阴道炎、宫颈炎、盆腔炎等。炎症刺激会导致阴道或宫颈黏膜充血、水肿，出现褐色分泌物，同时炎症因子刺激周围组织，引发小腹疼痛。治疗方面，阴道炎可根据不同类型选择合适的药物，如甲硝唑、克霉唑、制霉菌素等；宫颈炎可使用抗宫炎片、保妇康栓等；盆腔炎可使用头孢曲松钠、左氧氟沙星、甲硝唑等药物进行抗感染治疗。但所有用药都需遵医嘱。
3. 内分泌失调：长期的精神压力、生活不规律、过度节食等都可能引起内分泌失调，导致激素水平紊乱，影响子宫内膜的正常生长和脱落，出现褐色分泌物及小腹疼痛。患者需要调整生活方式，保持充足睡眠、合理饮食、适当运动，也可在医生指导下使用乌鸡白凤丸、逍遥丸、益母草颗粒等药物进行调理。
4. 子宫内膜异位症：具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，这些异位的内膜也会随着月经周期发生出血，导致小腹疼痛和褐色分泌物。治疗方法包括药物治疗和手术治疗。药物可选用孕三烯酮、达那唑、GnRH - a等；手术则根据患者年龄、症状、病变部位和范围等因素综合考虑。
5. 先兆流产：怀孕早期出现小腹疼痛和褐色分泌物可能是先兆流产的表现。此时应及时就医，进行血HCG、孕酮、B超等检查。如果胚胎发育正常，可在医生指导下进行保胎治疗，如使用黄体酮、地屈孕酮等药物。
小腹疼痛有褐色分泌物是较为复杂的症状，可能涉及多种病因。当出现这种情况时，应及时关注自身身体状况，不要自行盲目用药。建议及时前往正规医院就诊，通过详细检查明确病因，并在医生的专业指导下进行针对性治疗。