小腹疼痛有褐色分泌物可能由多种原因引起，常见的有妇科炎症、内分泌失调、子宫内膜病变、排卵期出血、宫外孕等。
1. 妇科炎症：如盆腔炎、宫颈炎、阴道炎等。盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一组疾病，炎症刺激会导致小腹疼痛，同时可能伴有阴道分泌物异常，出现褐色分泌物。宫颈炎多由病原体感染宫颈所致，炎症可使宫颈黏膜充血、水肿，导致分泌物增多且可能带有褐色。阴道炎则是阴道内正常菌群失调或受到病原体侵袭引发，不同类型的阴道炎症状有所差异，但部分患者会出现小腹隐痛及褐色分泌物。治疗时，盆腔炎可使用头孢曲松钠、甲硝唑、阿奇霉素等药物；宫颈炎可选用多西环素、米诺环素、左氧氟沙星等；阴道炎根据类型不同，滴虫性阴道炎常用甲硝唑、替硝唑治疗，霉菌性阴道炎可用氟康唑、伊曲康唑等。用药均需遵医嘱。
2. 内分泌失调：长期的精神压力、不良的生活习惯、过度节食等都可能导致内分泌失调。内分泌失调会影响激素水平，使子宫内膜不规则脱落，从而出现小腹疼痛和褐色分泌物。调整生活方式，保持规律作息、均衡饮食、适当运动，必要时可使用戊酸雌二醇、黄体酮、地屈孕酮等药物进行调理，具体用药需遵医嘱。
3. 子宫内膜病变：如子宫内膜息肉、子宫内膜癌等。子宫内膜息肉是子宫局部内膜过度生长所致，可引起不规则阴道出血，表现为褐色分泌物，同时可能伴有小腹坠胀疼痛。子宫内膜癌是发生于子宫内膜的一组上皮性恶性肿瘤，早期可出现阴道流血，多为少量血性白带或褐色分泌物，伴有下腹部隐痛。子宫内膜息肉可通过宫腔镜手术切除；子宫内膜癌则需要根据病情采取手术、放疗、化疗等综合治疗。
4. 排卵期出血：在排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血，可表现为褐色分泌物，部分人会伴有一侧下腹部隐痛。一般这种情况无需特殊治疗，注意休息，保持外阴清洁即可。
5. 宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，习称宫外孕。宫外孕患者常有短暂停经史，之后出现不规则阴道流血，量少，呈点滴状，色暗红或深褐，可伴有一侧下腹部隐痛或酸胀感。宫外孕是一种危险的情况，一旦确诊需及时治疗，可根据病情选择药物治疗（如甲氨蝶呤）或手术治疗。
小腹疼痛有褐色分泌物是一个需要引起重视的症状，可能涉及多种疾病。如果出现这种情况，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，如妇科检查、B超检查、性激素六项检查等，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。