宝宝发烧39.7度是否会留下后遗症，取决于多种因素，如发热持续时间、发热原因、宝宝自身免疫状况、是否及时治疗以及是否出现并发症等。
1. 发热持续时间：如果宝宝发烧39.7度持续时间较短，在数小时至一天内体温得到有效控制，一般不会对身体造成严重损害，留下后遗症的可能性较小。但如果持续高热不退，超过三天甚至更长时间，可能会对宝宝的神经系统、心脏等器官造成损伤，增加留下后遗症的风险。
2. 发热原因：不同的发热原因导致后遗症的可能性不同。如果是普通感冒、幼儿急疹等常见疾病引起的发热，经过适当治疗，体温恢复正常后，通常不会留下后遗症。但如果是脑膜炎、脑炎等中枢神经系统感染性疾病引起的高热，可能会损伤脑细胞，导致智力低下、癫痫、肢体运动障碍等后遗症。此外，川崎病等全身性血管炎疾病，若未及时治疗，可能会影响心脏冠状动脉，留下心血管方面的后遗症。
3. 宝宝自身免疫状况：宝宝自身免疫力较强时，对于发热的耐受性相对较好，身体能够更快地对抗疾病，减少后遗症的发生。相反，如果宝宝本身存在免疫缺陷或患有其他基础疾病，如先天性心脏病、营养不良等，在高热状态下，身体的各个器官更容易受到损伤，留下后遗症的几率会增加。
4. 是否及时治疗：宝宝发烧39.7度时，如果能及时采取有效的降温措施，如使用对乙酰氨基酚、布洛芬、阿司匹林等药物进行退热，并针对病因进行治疗，可降低体温，减轻对身体的损害，减少后遗症的发生。若延误治疗，病情可能会逐渐加重，增加出现后遗症的风险。
5. 是否出现并发症：在发热过程中，如果宝宝出现了惊厥、脱水、呼吸衰竭等并发症，会对身体造成额外的伤害，增加留下后遗症的可能性。例如，高热惊厥如果频繁发作或持续时间较长，可能会对大脑造成损伤，影响宝宝的神经系统发育。
宝宝发烧39.7度是否会留下后遗症受多种因素影响。家长在宝宝发热时应密切关注体温变化和精神状态，及时采取降温措施，并尽快带宝宝就医，明确发热原因，进行针对性治疗，以降低留下后遗症的风险。如果宝宝出现异常症状，应积极配合医生进行检查和治疗，最大程度保障宝宝的健康。