新生儿长期吃益生菌和按疗程吃在肠道菌群、免疫功能、药物依赖性、营养吸收以及健康风险方面存在差别。
1. 肠道菌群：按疗程吃益生菌，能在特定时间段内调节肠道菌群，帮助恢复肠道微生态平衡，待肠道功能改善后，自身菌群可逐渐维持稳定状态。而长期吃益生菌，可能使新生儿自身肠道菌群的建立和调节受到干扰，导致肠道对益生菌产生一定的依赖，自身菌群的正常发育和自我调节能力发展受限。
2. 免疫功能：按疗程补充益生菌，可在一定程度上刺激新生儿免疫系统的发育和成熟，增强免疫功能。但如果长期吃益生菌，免疫系统可能会因长期依赖外界补充的益生菌来维持免疫平衡，从而降低自身的免疫应答能力和自我调节能力。
3. 药物依赖性：按疗程吃益生菌，在达到治疗或调理目的后停药，新生儿的肠道等功能可逐渐适应并恢复自主调节。然而长期吃益生菌，可能会使新生儿的肠道等部位对益生菌产生药物依赖性，一旦停止服用，肠道功能可能出现紊乱，如出现腹泻、便秘等消化问题。
4. 营养吸收：按疗程服用益生菌有助于改善肠道环境，促进营养物质的消化和吸收。但长期吃益生菌可能会打破肠道内环境的微妙平衡，影响肠道对某些营养成分的正常吸收机制，比如可能影响维生素的合成和吸收等。
5. 健康风险：按疗程规范使用益生菌，一般安全性较高，出现不良反应的概率较低。但长期吃益生菌，可能增加潜在的健康风险，如增加感染特定病原体的风险，或者引发过敏反应等。常见的益生菌药物有双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等，使用时需遵医嘱。
综上所述，新生儿长期吃益生菌和按疗程吃存在诸多差别。按疗程吃益生菌能在一定时间内有效调节肠道菌群、增强免疫功能等，且有助于新生儿自身肠道功能和免疫系统的正常发育。而长期吃益生菌可能带来一系列不利影响，如干扰肠道菌群建立、降低免疫应答能力、产生药物依赖性等。因此，在给新生儿使用益生菌时，应根据具体情况，在医生的指导下合理选择服用方式和疗程。