发烧全身疼特别是腰，可能由病毒感染、细菌感染、自身免疫性疾病、腰椎疾病以及药物副作用等因素引起。
1. 病毒感染：病毒入侵人体后，会激发免疫系统的反应，释放炎性介质，如前列腺素等，这些物质会导致全身肌肉酸痛，包括腰部。常见的如流感病毒，感染后除了有高热、乏力等症状外，全身肌肉疼痛较为明显，尤其是腰部。患者会感觉腰部酸胀、疼痛，活动时疼痛加剧。
2. 细菌感染：细菌感染引发的炎症也会导致发烧和全身疼痛。例如肾盂肾炎，细菌感染肾脏及肾盂部位，炎症刺激周围组织，除了有发热症状外，还会出现明显的腰痛，疼痛一般为单侧或双侧，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等泌尿系统症状。
3. 自身免疫性疾病：像类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，免疫系统会错误地攻击自身组织，产生炎症反应，导致发热和全身关节、肌肉疼痛，腰部也常受影响。类风湿关节炎患者在病情活动期，不仅会有关节肿胀、疼痛，还可能出现低热、乏力等全身症状，腰部疼痛可能是持续性的隐痛。
4. 腰椎疾病：本身存在腰椎间盘突出、腰椎骨质增生等腰椎疾病的患者，在发烧时，身体的应激反应会使腰部疼痛症状加重。腰椎间盘突出患者，突出的椎间盘可能会压迫周围的神经，发烧时腰部肌肉紧张，进一步加重神经压迫，导致腰部疼痛加剧，可能还会伴有下肢放射性疼痛、麻木等症状。
5. 药物副作用：某些药物在使用过程中可能会出现副作用，导致发烧和全身疼痛。比如抗生素、抗癫痫药等，部分患者在服用后可能会出现药物热，同时伴有全身肌肉酸痛，腰部也可能受到影响。
针对这些情况，治疗方法有多种。对于病毒感染，常用的药物有利巴韦林、阿昔洛韦、奥司他韦等，可抑制病毒复制，缓解症状，但需遵医嘱使用。细菌感染时，可根据感染的细菌类型选择合适的抗生素，如头孢菌素类、青霉素类、喹诺酮类等。自身免疫性疾病则需要使用免疫抑制剂、糖皮质激素等药物进行治疗，如甲氨蝶呤、泼尼松等。腰椎疾病患者在病情稳定期可进行康复治疗，如物理治疗、按摩等；病情严重时可能需要手术治疗。对于药物副作用引起的症状，一般在停药或调整药物后会逐渐缓解。
发烧全身疼特别是腰是由多种因素引起的复杂症状。在出现这些症状时，应及时就医，通过详细的检查明确病因，然后采取针对性的治疗措施。同时，患者在治疗过程中要严格遵医嘱用药，注意休息，以促进身体的康复。