导致肚子疼但月经不来的病因有内分泌失调、妇科炎症、怀孕、宫腔粘连、卵巢早衰等。
1. 内分泌失调：人体内分泌系统会分泌各种激素，与神经系统共同调节人体的代谢和生理功能。当内分泌失调时，激素水平会出现异常。例如，长期精神压力大、生活作息不规律、过度节食等，都可能影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，导致雌激素、孕激素等分泌失衡。雌激素水平不足可能使子宫内膜生长缓慢，无法正常剥落形成月经，同时激素失衡还可能引起子宫平滑肌收缩，导致肚子疼。治疗上，可使用乌鸡白凤丸、逍遥丸、益母草颗粒等药物调节内分泌，但需遵医嘱。
2. 妇科炎症：常见的盆腔炎、附件炎等妇科炎症，炎症刺激会导致盆腔充血、水肿。当炎症累及子宫、输卵管等部位时，会引起肚子疼。而且炎症可能影响卵巢的正常功能，干扰激素的分泌和调节，进而影响月经周期，导致月经不来。对于盆腔炎，可使用头孢克肟、甲硝唑、阿奇霉素等药物进行抗感染治疗，具体用药需遵循医嘱。
3. 怀孕：怀孕后，女性体内的激素水平会发生显著变化，子宫内膜不再脱落，月经就会停止。随着孕周增加，子宫逐渐增大，会对周围的组织和器官造成压迫，同时子宫圆韧带被牵拉，孕妇可能会感觉到肚子疼，这种疼痛一般较为轻微。如果怀疑怀孕，可通过验孕棒、血HCG检查等方式确认。
4. 宫腔粘连：通常是由于人工流产、刮宫等宫腔操作，导致子宫内膜基底层受损，子宫前后壁相互粘连。粘连会阻碍经血的正常排出，引起肚子疼，同时也会导致月经不来或月经量明显减少。治疗宫腔粘连一般采用宫腔镜下粘连分离术，术后可能还需要使用雌激素等药物促进子宫内膜修复，具体用药和治疗方案需由医生制定。
5. 卵巢早衰：卵巢功能过早衰退，会使雌激素分泌减少，影响子宫内膜的生长和周期性变化，导致月经紊乱甚至闭经。同时，卵巢早衰可能伴随低雌激素症状，如潮热、盗汗、情绪波动等，也可能引起腹部不适、疼痛。治疗卵巢早衰可使用戊酸雌二醇、黄体酮、尼尔雌醇等药物进行激素替代治疗，但要在医生的指导下进行。
肚子疼但月经不来可能由多种病因引起，不同病因的治疗方法也有所不同。如果出现这种情况，应及时就医，进行详细的检查，如妇科超声、性激素六项等，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。