感冒时同房怀孕是否对胎儿基因有影响，主要受感冒类型、病毒影响、药物作用、孕妇身体状况、精子质量等因素影响。
1. 感冒类型：感冒分为普通感冒和流行性感冒。普通感冒通常由鼻病毒、冠状病毒等引起，症状相对较轻，一般不会对胎儿基因造成影响。而流行性感冒是由流感病毒引起，传染性强、症状重，流感病毒有可能通过胎盘影响胎儿，虽然直接导致胎儿基因改变的情况较为罕见，但可能会干扰胎儿的正常发育过程。
2. 病毒影响：某些病毒具有嗜神经性或致畸性，当孕妇感染这些病毒后，病毒可能会在体内引发一系列免疫反应，产生的细胞因子等物质可能会对胎儿产生不良影响。虽然目前没有确凿证据表明这些病毒会直接改变胎儿基因，但可能会影响基因的表达和调控，进而影响胎儿的生长发育。
3. 药物作用：感冒期间可能会使用一些药物来缓解症状。常用的药物如对乙酰氨基酚、布洛芬、阿司匹林等，这些药物在孕期使用有一定的安全性要求。如果在不恰当的时间或剂量下使用，可能会对胎儿产生不良影响，但一般不会直接影响胎儿基因，不过可能会干扰胎儿的正常生理过程。
4. 孕妇身体状况：孕妇自身的免疫力、营养状况等也会影响胎儿。如果孕妇身体状况较差，感冒后恢复缓慢，身体处于应激状态，可能会影响胎盘的血液循环和营养供应，从而间接影响胎儿的发育，但通常不会改变胎儿基因。
5. 精子质量：男性感冒时，身体的内环境可能会发生改变，这可能会对精子质量产生一定影响。虽然精子基因一般较为稳定，但如果精子受到不良因素影响，可能会影响受精卵的质量，不过也不一定会导致胎儿基因改变。
感冒时同房怀孕对胎儿基因是否有影响是一个复杂的问题，受到多种因素综合作用。普通感冒一般对胎儿基因影响较小，而流行性感冒等情况则需要引起重视。在备孕期间，男女双方都应尽量保持身体健康，避免在感冒等患病期间受孕。如果在感冒时意外怀孕，应及时就医，向医生详细告知情况，以便医生进行综合评估和给予专业建议。