早上肾疼可能是由多种原因引起的，如肾结石、肾囊肿、肾盂肾炎、肾肿瘤、腰肌劳损等。
1. 肾结石：是晶体物质在肾脏的异常聚积所致，为泌尿系统的常见病、多发病。当结石在肾脏内移动时，会刺激肾脏黏膜，引起肾绞痛，疼痛通常较为剧烈，可向腹股沟、会阴部放射。患者还可能出现血尿、恶心、呕吐等症状。治疗方法包括药物排石、体外冲击波碎石、经皮肾镜取石术等。常用药物有枸橼酸氢钾钠颗粒、坦索罗辛、别嘌醇等，具体用药需遵医嘱。
2. 肾囊肿：是肾脏内出现大小不等的与外界不相通的囊性肿块的总称。较小的肾囊肿一般无症状，当囊肿增大到一定程度时，会压迫周围组织，引起腰部疼痛。疼痛通常为隐痛或钝痛，可伴有腹部肿块。对于较小的肾囊肿，一般不需要特殊治疗，定期复查即可；较大的囊肿可考虑手术治疗，如囊肿去顶减压术。
3. 肾盂肾炎：是由细菌感染引起的肾盂和肾实质炎症。炎症刺激可导致肾脏充血、水肿，引起肾区疼痛，疼痛多为胀痛或酸痛，还可伴有发热、尿频、尿急、尿痛等症状。治疗主要是使用抗生素，如左氧氟沙星、头孢呋辛、阿莫西林等，治疗周期一般为10 - 14天，具体用药需遵医嘱。
4. 肾肿瘤：包括良性肿瘤和恶性肿瘤。早期肾肿瘤可能没有明显症状，随着肿瘤的生长，可压迫周围组织或侵犯神经，引起肾区疼痛。疼痛性质多样，可为钝痛、隐痛或剧痛。肾肿瘤的治疗方法主要有手术治疗、化疗、放疗、靶向治疗等，具体治疗方案需根据肿瘤的类型、分期等因素确定。
5. 腰肌劳损：长期的腰部肌肉过度使用、姿势不良等可导致腰肌劳损。夜间睡眠姿势不当或床垫不合适，可能会加重腰部肌肉的紧张和损伤，引起早上肾区附近疼痛。疼痛一般为酸痛或胀痛，活动后可缓解。治疗方法包括休息、物理治疗、药物治疗等，常用药物有布洛芬、双氯芬酸钠、氯唑沙宗等，具体用药需遵医嘱。
6. 肾动脉栓塞：肾动脉被血栓等栓子堵塞，会导致肾脏急性缺血，引起剧烈的肾区疼痛，还可伴有恶心、呕吐、血尿等症状。治疗方法包括溶栓治疗、取栓治疗等。
7. 肾周围炎：肾周围组织的炎症可蔓延至肾脏，引起肾区疼痛，疼痛可向肩部、腹部放射，患者还可能出现发热、寒战等全身症状。治疗主要是使用抗生素控制感染，必要时可进行手术切开引流。
早上肾疼可能是多种疾病的表现，有些可能是较为严重的疾病预警。当出现早上肾疼的症状时，应及时就医，进行详细的检查，如尿常规、肾功能、肾脏超声、CT等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。早期诊断和治疗对于改善疾病的预后非常重要。