长期和短期服用复方短效口服避孕药在避孕效果、对激素水平的影响、对月经周期的调节、对疾病的预防作用以及不良反应方面存在差别。
1. 避孕效果：短期服用复方短效口服避孕药，在服药期间能有效抑制排卵，达到较好的避孕效果，但一旦停药，避孕作用很快消失。而长期规律服用，持续抑制排卵，避孕效果更为稳定持久，能在较长时间内为女性提供可靠的避孕保护。
2. 对激素水平的影响：短期服用时，激素水平会在服药期间出现一定波动，不过随着药物代谢，身体激素水平会较快恢复到服药前状态。长期服用则会使身体激素水平处于相对稳定的状态，因为药物持续作用于内分泌系统，使激素分泌维持在一个较为平稳的范围内。
3. 对月经周期的调节：短期服用复方短效口服避孕药，可能会使本次月经周期变得规律，月经量也可能有所改变。长期服用，能更有效地调节月经周期，使月经变得更加规律，减少月经不调的发生，对于患有多囊卵巢综合征等引起月经紊乱的女性有一定的治疗作用。
4. 对疾病的预防作用：短期服用一般难以体现出对疾病的预防效果。长期服用复方短效口服避孕药可以降低卵巢癌、子宫内膜癌等妇科癌症的发生风险，还能减少盆腔炎、卵巢囊肿等疾病的发生几率。
5. 不良反应：短期服用时，可能会出现一些轻微的不良反应，如恶心、呕吐、头晕等，通常在服药初期较为明显，随着身体适应会逐渐减轻。长期服用除了可能出现上述不良反应外，还可能增加静脉血栓形成的风险，不过这种风险相对较低，且与个体的身体状况有关。
6. 对代谢的影响：短期服用对代谢的影响较小，可能仅有轻微的体重波动。长期服用可能会对血糖、血脂等代谢指标产生一定影响，但在大多数情况下，这种影响是可控的，且在停药后可逐渐恢复。
7. 对生育功能的影响：短期服用停药后，生育功能可较快恢复。长期服用者，一般在停药后也能恢复生育能力，但可能需要一定的时间让身体内分泌系统完全恢复正常。
长期和短期服用复方短效口服避孕药在多个方面存在明显差别。在选择服用方式时，女性应根据自身的需求、身体状况等因素综合考虑。无论选择哪种方式，都应在医生的指导下进行，以确保用药安全有效。同时，要密切关注自身身体变化，如有不适及时就医。