婴儿惊跳反射消失晚，可能隐藏的疾病风险有脑损伤、神经系统发育异常、钙缺乏症、胆红素脑病、先天性甲状腺功能减退症等。
1. 脑损伤：分娩过程中若婴儿头部受到产钳牵拉、吸引器吸引等外力作用，或者存在缺氧、窒息等情况，可能导致脑损伤。脑损伤会影响神经系统的正常功能，使得惊跳反射不能按时消失。对于脑损伤的治疗，可采用营养神经的药物，如神经节苷脂、脑蛋白水解物、鼠神经生长因子等，同时配合康复训练，促进神经功能恢复。
2. 神经系统发育异常：遗传因素、孕期母体感染、接触有害物质等都可能引起婴儿神经系统发育异常。神经系统发育不完善，神经信号传导出现问题，就会造成惊跳反射消失延迟。治疗方面，需根据具体的发育异常情况进行针对性干预，如进行物理治疗、作业治疗、言语治疗等康复训练。
3. 钙缺乏症：钙在神经传导过程中起着重要作用。婴儿如果钙摄入不足或吸收不良，会导致血钙水平降低，神经肌肉兴奋性增高，从而使惊跳反射持续时间延长。治疗钙缺乏症，可补充钙剂，如碳酸钙、葡萄糖酸钙、乳酸钙等，同时补充维生素D促进钙的吸收。
4. 胆红素脑病：新生儿黄疸严重时，未结合胆红素透过血 - 脑屏障，沉积在基底神经核、丘脑、丘脑下核、顶核、脑室核、尾状核以及小脑、延脑、大脑皮质及脊髓等部位，抑制脑组织对氧的利用，导致脑损伤，影响神经系统功能，出现惊跳反射消失晚的情况。治疗胆红素脑病，可采用光照疗法降低胆红素水平，必要时进行换血疗法。
5. 先天性甲状腺功能减退症：由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低。甲状腺激素对神经系统发育至关重要，缺乏甲状腺激素会影响神经系统的成熟，导致惊跳反射异常。治疗主要是补充甲状腺素，如左甲状腺素钠等。
婴儿惊跳反射消失晚可能是多种疾病的信号，家长应密切关注婴儿的发育情况。当发现惊跳反射消失延迟时，要及时带婴儿到正规医院就诊，进行全面的检查，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。早期发现和干预对于改善婴儿的预后非常重要。