宝宝持续发烧39度，可能隐藏的病因有上呼吸道感染、幼儿急疹、流感、肺炎、脑膜炎等。
1. 上呼吸道感染：这是宝宝发热常见病因，多由病毒或细菌感染引发。病毒感染时，鼻腔、咽或喉部急性炎症，导致宝宝体温调节中枢紊乱，引起发烧。细菌感染则多在宝宝免疫力下降时乘虚而入。症状除发热外，还可能有鼻塞、流涕、咳嗽等。治疗上，可使用对乙酰氨基酚、布洛芬等药物退热，若为细菌感染，可遵医嘱使用阿莫西林、头孢克洛等抗生素。
2. 幼儿急疹：通常由人类疱疹病毒6型、7型感染引起。多见于6 - 18个月的宝宝，潜伏期一般为1 - 2周。前期宝宝会突然高热，体温可达39度甚至更高，持续3 - 5天后体温骤降，同时或稍后皮肤出现散在玫瑰色斑丘疹。治疗主要是对症处理，高热时可使用退热药物，如对乙酰氨基酚、布洛芬、萘普生等，同时让宝宝多休息、多饮水。
3. 流感：由流感病毒感染所致，传染性强。宝宝感染后起病急，高热明显，体温可迅速上升至39度以上，还伴有头痛、乏力、肌肉酸痛等全身症状。治疗可在医生指导下使用抗病毒药物，如奥司他韦、扎那米韦、帕拉米韦等，同时配合退热药物缓解症状。
4. 肺炎：可由细菌、病毒、支原体等病原体引起。肺部发生炎症时，炎症因子刺激机体产生免疫反应，导致发热。宝宝除持续高烧外，还可能有咳嗽、气促、呼吸困难等症状。治疗需根据病原体选择合适药物，如细菌感染用抗生素，常用的有阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素等；病毒感染可能需使用抗病毒药物。同时要注意保持呼吸道通畅，必要时给予吸氧等支持治疗。
5. 脑膜炎：多由细菌、病毒、真菌等病原体感染引起。病原体侵犯脑膜，引发炎症反应，导致颅内压升高，引起高热、头痛、呕吐、颈项强直等症状。这是比较严重的疾病，治疗需及时就医，针对病原体使用相应的抗感染药物，如细菌性脑膜炎常用头孢曲松、头孢噻肟等抗生素，同时进行降低颅内压等对症治疗。
宝宝持续发烧39度可能是多种疾病的表现，上呼吸道感染、幼儿急疹、流感、肺炎、脑膜炎等都可能隐藏其中。当宝宝出现持续高烧时，家长应密切观察症状，及时采取降温措施，并尽快带宝宝到正规医院就诊，明确病因，遵医嘱进行治疗，以免延误病情。