当医生让在头孢克肟和头孢氨苄中选择抗生素时，可从抗菌谱、抗菌活性、药代动力学、适用人群、不良反应等方面考虑。

1. 抗菌谱：头孢氨苄属于第一代头孢菌素，对革兰阳性菌作用较强，如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、化脓性链球菌等，对部分革兰阴性菌如大肠埃希菌、奇异变形杆菌等也有一定作用。头孢克肟是第三代头孢菌素，对革兰阴性菌的抗菌作用明显增强，对流感嗜血杆菌、淋病奈瑟菌、卡他莫拉菌等有较好的抗菌活性，同时对部分革兰阳性菌也有作用，但对革兰阳性菌的作用不如第一代头孢菌素。

2. 抗菌活性：头孢氨苄对革兰阳性菌的抗菌活性相对较高，但对产β - 内酰胺酶的细菌稳定性较差。头孢克肟对β - 内酰胺酶更稳定，对一些耐药菌的抗菌活性优于头孢氨苄。

3. 药代动力学：头孢氨苄口服后吸收迅速，但血药浓度维持时间较短，一般需要多次给药。头孢克肟口服吸收良好，血药浓度较高，且半衰期较长，给药次数相对较少。

4. 适用人群：头孢氨苄常用于轻、中度感染，如呼吸道感染（咽炎、扁桃体炎等）、皮肤软组织感染等。头孢克肟除了可用于上述感染外，还可用于治疗泌尿系统感染、胆道感染等较为严重的感染。对于儿童患者，两者都有相应的剂型可供选择，但在具体使用时需根据年龄、病情等综合考虑。

5. 不良反应：头孢氨苄常见的不良反应有胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹泻等，也可能出现皮疹等过敏反应。头孢克肟的不良反应相对较少，但也可能引起胃肠道不适、过敏反应等，长期使用还可能导致二重感染。

综上所述，头孢克肟和头孢氨苄在抗菌谱、抗菌活性、药代动力学、适用人群和不良反应等方面存在差异。在选择时，应根据患者的具体病情、病原菌类型、个体差异等因素综合考虑，遵医嘱合理选用抗生素，以达到最佳的治疗效果，减少不良反应的发生。

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