头孢呋辛酯为全身用抗菌药。用于敏感细菌引起的上呼吸道感染，如咽炎、扁桃体炎；下呼吸道感染如急慢性支气管炎；泌尿道感染，皮肤和软组织感染及其他感染。虽然其药效广，但是它的副作用也很多。
1、头孢呋辛酯主要不良反应包括消化系统反应，如腹痛、腹泻、恶心、呕吐、食欲减退、口腔溃疡等；皮肤反应，如皮疹、红斑、瘙痒；还有头痛等。
2、和其他的头孢菌素一样，罕见的不良反应有：
过敏反应：包括过敏性反应、血管性水肿、瘙痒症、皮疹、药物引起的发热、血清疾病样反应和风疹等。
消化道反应：伪膜性结肠炎及肝损害，包括肝炎、胆汁淤积和黄疸等。
血液学检查：溶血性贫血、白细胞减少、全血细胞减少和血小板减少等。
皮肤：多型性红斑、Stevens-Johnson综合症、毒性的表皮坏死症。
泌尿系统：肾功能损害等。
3、其他：除上述列出的头孢呋辛酯治疗患者观察到的不良反应外，以下不良反应和化验检查变化见于头孢菌素治疗患者：
嗜酸性粒细胞增多及短暂ALT、AST、LDH升高的报告。
如其它的头孢菌素一样，也罕有黄疸病的报告。
曾有报告在头孢菌素类疗程中出现Coombs’实验阳性的反应，此现象会干扰血液的交叉配合。
肾功能不全、毒性肾病、肝胆管淤积、再生障碍性贫血、溶血性贫血、出血、凝血时间延长、BUN升高、肌苷升高、碱性磷酸酶升高、中性粒细胞减少、血小板减少、白细胞减少、胆红素升高、全血细胞减少及粒细胞缺乏症等。
此外要注意的是头孢菌素类抗生素与青霉素类药物有交叉反应的报告，因而对青霉素类药物过敏的病人慎用。由于利尿剂对肾功能有不利影响，对于同时接受强的利尿剂和包括头孢呋辛酯在内的头孢菌素类药物的患者，应密切关注肾功能。
长期使用头孢呋辛酯可能会导致非敏感微生物如念珠菌属、肠球菌、艰难梭状杆菌过度生长。在该药使用期间或期后发生严重腹泻的病人，应疑为伪膜性结肠炎。如果诊断成立，轻度者停药即可，中、重度者应补充液体、电解质、蛋白质，并需选用对梭状芽孢杆菌有效的抗生素类药物治疗。若出现二重感染，需采取适当措施。