回顾历史，有关子宫内膜异位症发病机制有三种解释：最早认为子宫内膜异位症来源于胚胎中肾管残迹，原位生长或腹膜、卵巢上皮化生；第二种解释是子宫内膜异位症是附魔兼职细胞在返流的子宫内膜细胞影响下化生所致；第三种解释是现在普遍认可的种植学说，认为子宫内膜异位症的发生是有功能的子宫内膜细胞种植在盆腔腹膜表面而发生的。 虽然子宫内膜异位症的确切病因尚不清楚，但自19世纪以来存在许多学说，如： 体腔上皮化生学说——盆腔腹膜上皮细胞化生成为子宫内膜样细胞。 血运或淋巴转移学说——子宫内膜细

种植学说（30%）：最早（1921）有人认为，盆腔子宫内膜异位症的发生，系子宫内膜碎片随经血逆流，通过输卵管进入盆腔而种植于卵巢或盆腔其他部位所致，临床上在月经期行剖腹探查时可在盆腔中发现经血，且经血中查见子宫内膜，剖宫手术后所形成的腹壁疤痕子宫内膜异位症，是种植学说的好例证。浆膜学说（25%）：亦名化生学说，认为卵巢及盆腔子宫内膜异位症系由腹膜的间皮细胞层化生而来，副中肾管是由原始腹膜内陷发育而成，与卵巢的生发上皮，盆腔腹膜，闭锁的腹膜凹陷，如腹股沟部的腹膜鞘状突（努克管），直肠阴道隔，脐等，都是由体腔上皮分化而来，凡从体腔上皮发生之组织，均有潜在能力化生成几乎与子宫内膜不能区分的组织，因而腹膜间皮细胞可能在机械性（包括输卵管通气，子宫后位，宫颈阻塞），炎性，异位妊娠等因素刺激下，易发生化生而成异位症的子宫内膜，卵巢表面的生发上皮因属原始体腔上皮，更具有分化的潜能，在激素，炎症的影响下就可分化成胚胎时所能形成的各种组织，包括子宫内膜，卵巢是外在性子宫内膜异位症中最易累及的部位，用化生学说很易解释，种植学说不能解释超越盆腔以外的子宫内膜异位症的发生原因。免疫学说（25%）：1980年Ｗeed等报道，异位内膜周围有淋巴细胞，浆细胞浸润，巨噬细胞内含有铁血黄素沉着及不同程度的纤维化，他们认为是由于异位内膜病灶做为异物，激活了机体的免疫系统所致，此后，许多学者从细胞免疫，体液免疫等方面探讨内异症的病因及发病机理。不论异位子宫内膜来源如何，其生长均与卵巢内分泌有关，临床资料可以说明，如此症多半发生在生育期妇女(30～50岁占80%以上)，且常并发有卵巢功能失调，切除卵巢后，则异位内膜萎缩，异位子宫内膜的生长主要依靠雌激素，妊娠期孕激素分泌较多，异位内膜即受到抑制，长期口服合成孕激素如炔异诺酮，造成假孕，亦可使异位内膜萎缩。

子宫内膜异位症的发病机制目前尚不完全清楚。目前所有以下几种因素：
1、子宫内膜组织种植学说，即经血逆流学说，内膜组织的细胞随着经血流动的过程播散、种植；
2、体腔上皮化生学说；
3、遗传因素，它具有一定的家族聚集性；
4、免疫功能异常和炎症因素等。