流行性感冒系流感病毒引起，流感病毒属正粘病毒科，直径80-120nm，球形或丝状，基因组为RNA病毒。流感病毒有三种类型：甲型（A型）流感病毒、乙型（B型）流感病毒和丙型（C型）流感病毒。

其中甲型最容易发生变异，可感染人和多种动物，为人类流感的主要病原，常引起大流行和中小流行。乙型流感病毒变异较少，可感染人类，引起爆发或小流行。丙型较稳定，可感染人类，多为散发病例，目前发现猪也可被感染。 流感病毒不耐热，100℃1分钟或56℃30分钟灭活，对常用消毒剂敏感（1%甲醛、过氧乙酸、含氯消毒剂等） 对紫外线敏感，耐低温和干燥，真空干燥或-20℃以下仍可存活。

甲型流感病毒最常见，可广泛流行及人畜共患，例如1997年在香港肆虐的禽流感，以致政府须屠宰150万只鸡。甲型病毒可按结构再划分，例如甲型H5N1毒株（香港禽流感病毒）、甲型H3N2（1995年在武汉发生）、甲型H1N1（1995年在德国发生）等。

病毒因不定时的基因突变而衍生新品种。甲型流感病毒变异是常见的自然现象，主要是H和N的变异。所谓H和N，是指甲型流感病毒表面的两大类蛋白质。H是红细胞凝集素（Hemagglutinin），其作用像一把钥匙，帮助病毒打开宿主细胞的大门；N是神经氨酸苷酶（Neuraminidase），能够破坏细胞的受体，使病毒在宿主体内自由传播。根据H和N的形态，甲型流感病毒可由15种H型和9种N型进行排列组合，比如H1N1和H5N1等。

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